Sau khi tổ chức thanh tra và đối thoại với lãnh đạo cơ quan, ngày 4/4/2018, Thanh tra tỉnh Gia Lai đã có Kết luận số 04 “việc quản lý, sử dụng các nguồn kinh phí tại TTYT huyện Kông Chro”. Kết luận khẳng định: Qua kiểm tra hồ sơ, sổ sách, chứng từ thanh quyết toán trong 4 năm (2013 đến 2016) cho thấy, TTYT huyện Kông Chro đã có nhiều vi phạm quy định Nghị định số 43 (năm 2006) về quản lý, sử dụng kinh phí chi tiêu theo cơ chế tự chủ và vi phạm Quyết định số 19 (ngày 30/3/2006) của Bộ Tài chính về lập hồ sơ chứng từ, sổ sách tổng hợp quyết toán.
Tổng số tiền sai phạm tại TTYT huyện Kông Chro là gần 800 triệu đồng, trong đó có hơn 413 triệu đồng chi trả tiền trực không đúng các quy định theo Quyết định số 73 ngày 28/12/2011 của Thủ tướng Chính phủ về quy định một số chế độ phụ cấp đặc thù đối với công chức, viên chức, người lao động trong các cơ sở y tế công lập và chế độ phụ cấp chống dịch.
Ngoài việc chi trả tiền trực không đúng quy định; TTYT huyện Kông Chro còn chi trả các khoản phụ cấp không đúng quy định tổng cộng hơn 377 triệu đồng; trong đó có hơn 187 triệu đồng chi trả phụ cấp độc hại không đúng Thông tư số 7 ngày 5/1/2005 của Bộ Nội vụ và Văn bản số 6608 ngày 22/8/2005 của Bộ Y tế; hơn 138 triệu đồng chi trả phụ cấp khu vực không đúng Thông tư liên tịch số 11 ngày 5/01/2005 của Bộ Nội vụ-Bộ LĐ-TB&XH-Bộ Tài chính và Ủy ban Dân tộc (về hướng dẫn thực hiện chế độ phụ cấp khu vực cho các đối tượng đi công tác có thời hạn) và hơn 52 triệu đồng chi trả phụ cấp ưu đãi nghề không đúng quy định tại Nghị định số 56 ngày 04/7/2011 của Chính phủ.
Thanh tra tỉnh Gia Lai kết luận tổng số tiền sai phạm là gần 800 triệu đồng nhưng TTYT huyện Kông Chro có văn bản đề nghị Đoàn thanh tra xem xét không thu hồi gần 75 triệu đồng sai phạm chi trả cho các trường hợp đã chấm dứt hợp đồng lao động, nghỉ hưu, chết. Chính vì vậy, Thanh tra tỉnh Gia Lai kiến nghị và đã được UBND tỉnh nhất trí thu hồi hơn 715 triệu đồng sai phạm tại TTYT huyện Kông Chro. Ngoài việc thu hồi số tiền sai phạm nộp vào ngân sách nhà nước, TTYT huyện Kông Chro còn phải nghiêm túc tổ chức kiểm điểm và xem xét trách nhiệm tập thể, cá nhân có liên quan đến những sai phạm.
