Theo báo cáo, UBND TP Hà Nội cho biết, tuyến đường sắt trên được phê duyệt đầu tư vào tháng 10/2008 với tổng mức đầu tư hơn 18.000 tỷ đồng (tương đương 868,04 triệu USD). Trong đó, phần vốn vay Trung Quốc là hơn 13.860 tỷ đồng (tương đương 669,62 triệu USD).
Theo cơ chế tài chính trong nước được Thủ tướng phê duyệt, phần chi phí xây dựng kết cấu hạ tầng của dự án với giá trị 577,1 triệu USD áp dụng cơ chế ngân sách nhà nước cấp phát vốn vay nước ngoài. Phần chi phí liên quan trực tiếp đến việc khai thác, vận hành kinh doanh vận tải áp dụng với giá trị 92,52 triệu USD theo cơ chế cho vay lại vốn vay nước ngoài.
Đến năm 2016, Bộ Giao thông vận tải có quyết định phê duyệt dự toán hạng mục thiết bị và giá trị thiết bị ký kết Phụ lục hợp đồng số 11 của Hợp đồng EPC Dự án, theo đó chi phí liên quan trực tiếp đến việc khai thác, vận hành kinh doanh vận tải được điều chỉnh tăng từ 92,52 triệu USD lên 98,35 triệu USD.
Thủ tướng đã đồng ý giao Bộ Giao thông vận tải ủy quyền cho Ban Quản lý dự án đường sắt ký kết thỏa thuận cho vay lại phần vốn vay nước ngoài để thực hiện giải ngân các hạng mục liên quan tới việc khai thác, vận hành kinh doanh vận tải.
Trong giai đoạn xây dựng, Bộ Giao thông vận tải có trách nhiệm bố trí vốn đối ứng để trả nợ nước ngoài, trả nợ gốc và các khoản phí liên quan cho tới khi dự án hoàn thành bàn giao. UBND TP Hà Nội có trách nhiệm tiếp nhận toàn bộ khoản vay lại của dự án từ Bộ Giao thông vận tải theo nguyên tắc thực hiện đầy đủ nghĩa vụ của người vay lại và trả nợ ngân sách sau khi dự án kết thúc giai đoạn xây dựng và bàn giao cho UBND TP.
Theo UBND TP Hà Nội, trên cơ sở nội dung dự thảo Thỏa thuận cho vay lại đối với dự án kèm theo văn bản của Bộ Tài chính gửi UBND TP và thông tin từ Cục quản lý nợ và tài chính đối ngoại, Bộ Tài chính, giá trị vay lại được xác định dự kiến khoảng 98,35 triệu USD (tương đương khoảng 2.306 tỷ đồng theo giá trị tại thời điểm báo cáo).
Lãi suất cho vay lại là 4%/năm tính trên số dư nợ vay lại. Thời hạn cho vay lại là từ khi hợp đồng cho vay lại có hiệu lực đến ngày trả nợ gốc cuối cùng (21/7/2025) theo quy định tại Thỏa thuận cho vay nước ngoài, riêng khoản vay 47,092 triệu USD có ngày trả gốc cuối cùng là ngày 21/92032.
UBND TP Hà Nội khẳng định, căn cứ vào các số liệu dư nợ hiện nay và dự kiến đến năm 2020, việc vay lại dự án đường sắt đô thị Hà Nội tuyến Cát Linh - Hà Đông không làm vượt hạn mức vay nợ của TP.