Ngoài ra, theo TTCP, VRG hỗ trợ quỹ lương cho công đoàn cao su Việt Nam vượt quy định cho phép hỗ trợ 15,409 tỷ đồng; khoản thù lao, kiêm nhiệm của người đại diện VRG tại các doanh nghiệp không được hưởng là chưa phù hợp quy định, chưa tương xứng giữa trách nhiệm và quyền lợi; lợi nhuận của VRG chưa được phân phối đến 31/12/2011 tại 4 công ty cổ phần là 935,7 tỷ đồng.
Việc thanh lý vườn cây cao su, trong đó việc xây dựng giá sàn để bán của các đơn vị trình VRG phê duyệt chưa có cơ sở pháp lý. Tại các đơn vị thành viên thực hiện việc thanh lý vườn cây cao su có một số thiêu sót, vi phạm như: bán trực tiếp không qua đấu giá; Công ty TNHH MTV cao su Dầu Tiếng thực hiện xác định giá trị vườn cây chưa đầy đủ khi thanh lý tại các CTCP 179,789 tỷ đồng.
Do hướng dẫn của VRG, các đơn vị thành viên phải ký hợp đồng vay vốn của RFC nhưng thực tế không có nhu cầu sử dụng vốn vay, dẫn đến lãng phí, tăng chi phí sản xuất kinh doanh, giảm lợi nhuận. Lợi nhuận phân phối trên tỷ lệ vốn huy động và vốn chủ sở hữu của Nhà nước tại doanh nghiệp thiếu chính xác như: Công ty TNHH MTV Cao su Bà Rịa, Tổng Công ty Cao su đồng nai.
Tại Tổng Công ty Cao su Đồng Nai, trích lập dự phòng nợ phải thu khó đòi chưa đúng quy định 15,015 tỷ đồng; chuyển khoản nợ của DONAR 54,904 tỷ đồng không đúng do việc tính thiếu vốn điều lệ; chưa tình giá trị bồi thường thiệt hại cao su do thanh lý để tính giá trị bàn giao cho DONAR 5,867 tỷ đồng.
Ngoài ra, TTCP đã phát hiện, tại Công ty TNHH MTV Cao su Phú Riềng hạch toán sai khoản “Chi phí sản xuất – kinh doanh – chi phí tạo rừng” số tiền 14,683 tỷ đồng, làm giảm nghĩa vụ nộp thuế thu nhập doanh nghiệp 3,67 tỷ đồng và giảm lợi nhuận chia theo vốn nhà nước phải nộp về VRG 11,012 tỷ đồng. Trích lập dự phòng nợ phải thu khó đòi chưa đúng quy định 5,007 tỷ đồng. Trích lập, sử dụng Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ không đúng mục đích phải truy thu thuế thu nhập 1,073 tỷ đồng.
Qua quá trình thanh tra tại Tập đoàn Công nghiệp Cao su Việt Nam, TTCP khẳng định, dự án đầu tư quy hoạch tổng thể thực hiện không đúng theo quy định, nhiều hạng mục đầu tư không không dựa trên quy mô dự án để đầu tư. Việc ban hành định mức kỹ thuật trong trồng cây cao su để xây dựng xuất đầu tư áp dụng trong quản lý không có ý kiến của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Việc quản lý gói đầu tư đối với công tác mua sắm phân bón, hầu hết các đơn vị đều không thực hiện đúng quy định như: không lập, thẩm định, trình, phê duyệt kế hoạch đấu thầu mua sắm phân bón. Việc mở thầu cũng không được thực hiện công khai ngay sau thời điểm đóng thầu, thông tin chính nêu trong hồ sơ dự thầu không được công bố trong buổi mờ thầu…
TTCP cũng cho biết, dù được quản lý và sử dụng với số lượng diện tích rất lớn, nhưng diện tích đất cao su của VRG mới chỉ được cấp Giấy Chứng nhận quyền sử dụng đất đạt 56%.
“Đất có tranh chấp và bị người dân lấn chiếm có diện tích lớn khoảng 3.430ha, thể hiện sự quản lý chưa chặt chẽ, chưa thường xuyên kiểm tra và xử lý kịp thời các sai phạm trong quản lý, sử dụng đất của đơn vị thành viên; chưa có quy hoạch và kế hoạch sử dụng đất ngắn hạn và dài hạn” – TTCP khẳng định.