Theo nhận định của HĐXX cấp phúc thẩm, đây là một vụ án lớn, dư luận xã hội đặc biệt quan tâm. Tuy nhiên, cấp sơ thẩm chưa phản ánh đúng mức độ, hành vi phạm tội của các bị cáo cũng như tính chất vụ án; có dấu hiệu lọt người, lọt hành vi phạm tội, không phản ánh đúng tinh thần đấu tranh phòng chống tội phạm.
Dựa vào hồ sơ vụ án cho thấy thuốc không rõ nguồn gốc, các bị cáo cũng khai không biết thuốc nguồn gốc từ đâu.
HĐXX nhận định, dựa vào các quy định, định nghĩa về hàng giả khác, cho thấy nghi vấn "thuốc H-Capita là thuốc giả" là có cơ sở, trong khi đó, kết luận giám định chỉ nêu "thuốc không được sử dụng cho người". Vì vậy, cấp sơ thẩm xử tội "buôn lậu" cho các bị cáo là chưa phù hợp.
Nhưng để xác định tội danh một cách đầy đủ với chứng cứ, lập luận vững chắc hơn, cần trưng cầu giám định lại lô hàng, vì Cục Quản lý dược (Bộ Y tế) là đơn vị cấp phép nhập khẩu, quá trình cấp phép có nhiều thiếu sót, sai phạm, là đối tượng cần xem xét trong vụ án này, nhưng lại tham gia giám định tư pháp lô hàng do chính mình cấp phép…
HĐXX cấp phúc thẩm nhận định kháng nghị của VKS đề nghị xem xét các bị cáo đã có dấu hiệu phạm tội “sản xuất, buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh, thuốc phòng bệnh” là có cơ sở.
Bản án của HĐXX cấp phúc thẩm cũng đề nghị làm rõ trách nhiệm của Cục quản lý dược. Bản án nhận định để xảy ra tình trạng này, có vai trò rất lớn của Cục quản lý dược. Tại phiên tòa, qua chất vấn cho thấy Cục quản lý dược có nhiều thiếu sót như cấp phép cho Công ty Helix tại Việt Nam hoạt động; Tổ thẩm định có 3 người không ký tên đồng ý cấp phép nhưng không có biên bản nêu lý do. Tại tòa, đại diện Bộ Y tế, Cục quản lý dược cho rằng "không cần ý kiến, lý do 3 chuyên gia" này là không phù hợp.
HĐXX đề nghị cần tiến hành điều tra làm rõ trách nhiệm của cá nhân thẩm định, cấp phép thuốc H-Capita cũng như 7 loại thuốc trước đó để xác định tội danh phù hợp; trách nhiệm của Cục quản lý dược cấp phép hoạt động cho Công ty Helix tại Việt Nam.
Về con số 7,5 tỉ đồng được các bị cáo khai đã chi tiền hoa hồng, HĐXX đề nghị làm rõ là chi cho ai, từ lô hàng nào, và đây là tiền tang vật của vụ án nên cần tịch thu sung công quỹ.