Đây là giai đoạn 2 của vụ án mua bán hàng giả là thuốc chữa bệnh xảy ra tại VN Pharma. Trong giai đoạn 1 của vụ án có một nhân vật mang tên Raymundo thường xuyên được Cường nhắc tới. Cường khai mình chỉ là người đại diện của Helix và làm theo sự chỉ dẫn của người này. Cũng theo lời khai của Cường thì Raymundo từng nhiều lần nhập cảnh vào Việt Nam để bàn bạc chuyện mua bán thuốc. Trong bản án của giai đoạn 1, tòa kiến nghị cơ quan có thẩm quyền điều tra làm rõ vai trò của Raymundo.
Quá trình điều tra, Bộ Công an xác định Raymundo sinh ngày 25/4/1973, quốc tịch Philippines. Từ 29/1/2009 - 15/6/2012, Raymundo làm việc cho Health 2000 với chức vụ GĐ điều hành tại Philippines và đã có nhiều lần nhập cảnh vào Việt Nam.
Hồ sơ vụ án thể hiện từ năm 2007 - 2010, Nguyễn Lê Xuân Khang (đang bị truy nã) tới Cty CP Dược phẩm Trung ương Codupha gặp Hùng. Tại đây, Khang tự giới thiệu là đại diện của Health 2000 tại Việt Nam, đặt vấn đề nhờ Codupha và Cty TNHH Dược phẩm Vimedimex đứng tên hồ sơ đến Cục Quản lý Dược đề nghị cấp giấy phép lưu hành sản phẩm cho 7 loại thuốc mang nhãn mác Health 2000 Canada.
Sau khi được Cục Quản lý Dược cấp giấy phép lưu hành, Khang đã bán hơn 1,5 triệu hộp thuốc mang nhãn mác Health 2000 Canada với giá trị gần 98 tỷ đồng.
Đến cuối 2010, Cường được Khang đặt vấn đề nhờ Cường làm đại diện cho Khang để phát triển thị trường, quan hệ khách hàng trong lĩnh vực dược phẩm tại Việt Nam. Mặc dù không biết về ngành dược nhưng được Khang hứa hẹn hỗ trợ về nghiệp vụ, chi “hoa hồng” lợi nhuận và các khoản tiền liên quan nên Cường đồng ý tham gia.
Khang đưa cho Cường con dấu có nội dung “HEALTHA 2000 INC. H2K” của Health để sử dụng. Đồng thời, Cường được Khang giới thiệu gặp Raymundo là đại diện của Health 2000 tại Philippines.
Sau khi VN Pharma được thành lập thì Hùng đã liên hệ với Khang để mua 2 loại thuốc mang nhãn mác Health 2000 với trị giá gần 9 tỷ đồng.
Trong thời gian hợp tác với Cường, Khang đã không thanh toán đầy đủ tiền hoa hồng và vi phạm thỏa thuận độc quyền khi cung cấp các thuốc mang nhãn mác Health 2000 Canada cho VN Pharma. Do vậy, Cường không tiếp tục hợp tác với Khang mà chuyển qua làm việc cho Raymundo.
Cuối tháng 10/2012, Raymundo sang Việt Nam cùng với Cường gặp Hùng và Nguyễn Trí Nhật (phó TGĐ VN Pharma) để trao đổi về việc mua bán thuốc. Từ thời điểm này, VN Pharma chuyển qua mua thuốc Helix của Raymundo.
Ngày hôm sau, Cường cùng Raymundo đến trụ sở VN Pharma để gặp Hùng, Nhật và Phan Cẩm Loan (nguyên phó phòng xuất nhập khẩu VN Pharma) để bàn bạc về việc mua bán thuốc Helix. Tại đây, các bên thống nhất Raymundo sẽ chuyển FSC và GMP của Helix để VN Pharma làm thủ tục xin cấp visa cho các loại thuốc do Helix sản xuất.
Trong thời gian chờ Cục Quản lý Dược cấp visa thì Helix sẽ sản xuất thuốc cùng hoạt chất, công dụng và đặt tên thương mại giống như các thuốc mang nhãn mác Health 2000 Canada đã được Cục Quản lý Dược cấp số đăng ký, bán cho VN Pharma. Cường được Raymundo nói sẽ đại diện cho Helix, thay mặt Raymundo giải quyết các vấn đề bán hàng tại Việt Nam.
Hùng và Nguyễn Trí Nhật không thừa nhận có cuộc họp với Raymundo và Cường tại trụ sở VN Pharma như nội dung trên. Căn cứ vào hồ sơ vụ án, CQĐT xác định lời khai của Hùng và Nhật là không đúng với thực tế.
CQĐT xác định từ ngày 28/10/2012 - 3/8/2014, Raymundo đã 13 lần nhập cảnh vào Việt Nam để tham gia vào các hoạt động kinh doanh thuốc. Cơ quan ANĐT Bộ Công an đã tiến hành tương trợ tư pháp về hình sự Philippines nhưng đến nay chưa có kết quả trả lời nên chưa đủ căn cứ xử lý hình sự.
Trong vụ án này, CQĐT cũng xác định nguyên Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang có trách nhiệm liên đới khi cấp số đăng ký cho 2 loại thuốc không đúng quy định.
Ngày 16/5/2010, Cục Quản lý Dược nhận được hồ sơ xin cấp số đăng ký cho thuốc H2K Levafloxacin và H2K Ciprofloxacin có nhãn mác Health 2000 Canada sản xuất do Cty Vimedimex đứng tên đăng ký.
Ngày 28/10/2010, thuốc H2K Levofloxacin được đưa ra hội đồng xét duyệt cấp số đăng ký thuốc đợt 70 nhưng do có nhiều thuốc được đưa ra xét duyệt cùng đợt nên H2K Levofloxacin được chuyển sang xét duyệt cùng đợt với H2K Ciprofloxacin.
Hội đồng xét duyệt cấp số đăng ký thuốc của Bộ Y tế được thành lập gồm 14 thành viên do ông Quang làm Chủ tịch hội đồng. Các thành viên trong hội đồng thực hiện chức năng nhiệm vụ theo quy định tại quy chế hoạt động của hội đồng. Căn cứ nhiệm vụ được phân công và chuyên môn của mình, thành viên hội đồng có nhiệm vụ xem xét biên bản thẩm định để đưa ra ý kiến đánh giá, chịu trách nhiệm phối hợp trong việc xem xét về mặt pháp lý của thuốc đề nghị cấp số đăng ký sản xuất, lưu hành.
Trong các thành viên của hội đồng, chỉ một thành viên có ý kiến đề nghị xem xét lại phương pháp tính đồng phân, nhưng sau khi xem xét hồ sơ thì người này cũng đồng ý, đề nghị cấp số đăng ký.
Căn cứ kết quả cuộc họp hội đồng ngày 25/11/2010 do ông Quang chủ trì, Nguyễn Việt Hùng (Cục phó Quản lý Dược) đã ký phiếu trình, báo cáo kết quả. Ông Quang có bút phê đồng ý cấp tất cả số đăng ký cho sản phẩm đạt yêu cầu và giao Cục Quản lý dược ban hành quyết định công bố thuốc nước ngoài được phép lưu hành tại Việt Nam. Ngày 23/12/2010, ông Trương Quốc Cường (thời điểm đó là Cục trưởng Quản lý dược, nay là Thứ trưởng Bộ Y tế) ký quyết định công bố 214 thuốc nước ngoài được phép lưu hành, trong đó có H2K Levofloxacin và H2K Ciprofloxacin.
CQĐT xác định ông Quang là Chủ tịch hội đồng xét duyệt thuốc, người quyết định cuối cùng việc cấp số đăng ký thuốc, có trách nhiệm liên đới trong việc để 2 thuốc H2K Levofoxacin và H2K Ciprofloxacin được cấp số đăng ký không đúng quy định. Tuy nhiên, căn cứ kết quả điều tra, tài liệu chứng cứ chưa đủ căn cứ xử lý hình sự với ông Quang.