Theo Sở NN&PTNT, phần lớn các hồ chứa nước được xây dựng từ những năm 60 và 70 của thế kỷ trước. Sau hơn 40 năm khai thác, sử dụng, nhiều hạng mục như đập đất, tràn… của các hồ chứa đã bị xuống cấp, ảnh hưởng đến phục vụ sản xuất và an toàn công trình.
Nhiều hệ thống kênh mương chưa được kiên cố hóa, bị sạt, rò rỉ, tổn thất lượng nước lớn, đa số các hồ chưa có thiết bị quan trắc. Công tác bảo trì, duy tu bảo dưỡng đập được các chủ đập thực hiện đầy đủ theo quy định hiện hành. Tuy nhiên, do điều kiện ngân sách bố trí cho công tác sửa chữa hồ, đập còn khó khăn nên còn một số hồ chứa chưa được sửa chữa, cải tạo, nâng cấp đầy đủ để đáp ứng yêu cầu vận hành phục vụ sản xuất nông nghiệp.
Điều đáng lo ngại nhất là công tác quản lý còn bất cập. Điều này thể hiện ở chỗ, năng lực quản lý, vận hành của các chủ đập là UBND các huyện, thị xã còn hạn chế, chưa đáp ứng theo quy định. Nhiều hồ chứa chưa được lập và ban hành quy trình vận hành; nhiều thiết bị công trình đã bị xuống cấp dẫn đến khó khăn trong công tác quản lý, vận hành; hiện tượng lấn chiếm lòng hồ còn diễn ra và chưa được chính quyền cơ sở xử lý triệt để.
Tốc độ đô thị hóa nhanh cũng là nguyên nhân làm cho hệ thống công trình thủy lợi bị chia cắt, tạo ra các khu đất xen kẹt khiến hệ thống tưới, tiêu trong khu vực hoạt động hiệu suất không cao, gây nên úng, ngập cục bộ khi có mưa lớn, ảnh hưởng không nhỏ đến khả năng phục vụ sản xuất của các công trình thủy lợi. Ngoài ra, tình hình vi phạm Pháp lệnh Khai thác và Bảo vệ công trình thủy lợi vẫn là vấn đề nhức nhối…