Theo nội dung của Thông tư 93/2017/TT-BTC, bỏ hướng dẫn nộp Mẫu 06/GTGT để đăng ký áp dụng thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ đối với cơ sở kinh doanh mới thành lập và cơ sở kinh doanh đang hoạt động có doanh thu chịu thuế GTGT dưới 1 tỷ đồng.
Cũng theo thông tư này sẽ bỏ hướng dẫn nộp Mẫu 06/GTGT khi chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT; Bổ sung hướng dẫn phương pháp tính thuế GTGT của cơ sở kinh doanh xác định theo Hồ sơ khai thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 11 Thông tư 156/2013/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung năm 2014 và năm 2015).
Như vậy, kể từ ngày 05/11/2017, nếu đăng ký áp dụng thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thì gửi tờ khai thuế GTGT mẫu 01/GTGT, mẫu 02/GTGT đến cơ quan thuế; Nếu đăng ký áp dụng thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp thì gửi tờ khai thuế GTGT mẫu 03/GTGT, mẫu 04/GTGT đến cơ quan thuế.
