Tại phiên tòa, bị cáo Phạm Thanh Nghiên khai nhận: Từ cuối năm 2007, Nghiên tham gia khối 8406 (một tổ chức phản động chống Nhà nước). Do đó, trong năm 2007 đến tháng 9-2008, Nghiên đã thực hiện nhiều hành vi vi phạm pháp luật, tuyên truyền chống Nhà nước CHXHCN Việt Nam.
Lợi dụng sự kiện tàu đánh cá của ngư dân tỉnh Thanh Hóa va chạm trên biển xảy ra năm 2005, tháng 2-2008, Phạm Thanh Nghiên cùng với Ngô Quỳnh, sinh năm 1984, trú tại thôn Cẩm Bào, xã Xuân Cẩm, huyện Hiệp Hòa (tỉnh Bắc Giang) vào xã Hoằng Trường, huyện Hoằng Hóa (tỉnh Thanh Hóa), lấy danh nghĩa là người của một công ty đi làm từ thiện, hai tên cho mỗi gia đình gặp nạn 200.000 đồng, chụp một số kiểu ảnh, dò hỏi về vụ tai nạn va chạm trên biển và sự hỗ trợ của chính quyền địa phương. Sau đó, Nghiên viết bài dưới dạng tường thuật về chuyến đi với nội dung vu khống, xuyên tạc sự thật về đường lối chính sách của Nhà nước đối với gia đình các ngư dân gặp nạn trên biển.
Tại phiên tòa, các nhân chứng là ông Nguyễn Văn Nhiểm, ở xã Hòa Lộc, huyện Hậu Lộc và Lê Xuân Kính, trú tại thôn Linh Trường, xã Hoằng Trường, huyện Hoằng Hóa (cùng tỉnh Thanh Hóa), từng gặp gỡ, tiếp xúc và được Nghiên nêu trong bài viết, một lần nữa khẳng định những thông tin Nghiên đưa ra là hoàn toàn sai sự thật. Trước những chứng cứ không thể chối cãi, Nghiên thừa nhận nội dung bài viết là sai.
Ngoài ra, Nghiên còn viết, lưu trữ nhiều tài liệu khác có nội dung bịa đặt về các sự kiện diễn ra trong nước, xuyên tạc đường lối chính sách của Đảng và Nhà nước, kích động quần chúng chống lại chính quyền; phủ nhận vai trò lãnh đạo của Đảng Cộng sản Việt Nam , đòi đa nguyên, đa đảng. Nhiều bài viết xuyên tạc của Nghiên đã đăng tải trên một số trang web nước ngoài. Với giọng điệu, tư tưởng sai lệch, Nghiên cũng nhiều lần trả lời phỏng vấn của một số phóng viên đài nước ngoài với mục đích tuyên truyền chống Nhà nước CHXHCN Việt Nam . Khi khám xét nơi ở của Nghiên, cơ quan công an thu nhiều tài liệu và vật chứng có liên quan đến hành vi phạm tội .
Sau phần xét hỏi, công tố viên luận tội khẳng định, tại phiên tòa lời khai của bị cáo phù hợp với các tài liệu, chứng cứ có trong hồ sơ, như bản cáo trạng đã nêu, đủ cơ sở, căn cứ pháp luật khẳng định Phạm Thanh Nghiên phạm tội tuyên truyền chống Nhà nước CHXHCN Việt Nam; đề nghị Hội đồng xét xử xử lý Nghiên mức án nghiêm khắc. Các luật sư bào chữa cho bị cáo cho rằng, một số hành vi chưa đến mức truy tố, đề nghị Hội đồng xét xử xem xét một số tình tiết giảm nhẹ.
Hội đồng xét xử nhận định, qua quá trình xét hỏi công khai, tranh tụng tại phiên tòa cũng như các tài liệu, chứng cứ có trong hồ sơ đủ cơ sở khẳng định Phạm Thanh Nghiên phạm tội tuyên truyền chống Nhà nước CHXHCN Việt Nam . Nghiên tự làm, tàng trữ, lưu hành nhiều tài liệu có nội dung chống Nhà nước CHXHCN Việt Nam, đòi đa nguyên, đa đảng là xâm phạm an ninh quốc gia, làm mất ổn định trật tự an toàn xã hội, ảnh hưởng đến công cuộc xây dựng, phát triển đất nước. Hội đồng xét xử tuyên phạt bị cáo Nghiên 4 năm tù về tội tuyên truyền chống Nhà nước Cộng hòa XHCN Việt Nam, 3 năm quản chế, kể từ khi chấp hành xong hình phạt tù./.