Từ năm 2018-2021, ngoài nguồn đầu tư của Chính phủ, Dự án TCMR đã nỗ lực huy động nguồn viện trợ từ Liên minh toàn cầu về vaccine và tiêm chủng (GAVI) để trang bị hệ thống tủ lạnh chuyên dụng tiên tiến nhất bảo quản vaccine trên toàn quốc. Năm 2020, dù ảnh hưởng của dịch Covid-19, song đến tháng 11/2020 đã có gần 1,4 triệu trẻ được tiêm chủng đầy đủ 8 loại vaccine, tương đương 87%.
Trong năm 2021, Chương trình TCMR quốc gia sẽ đẩy mạnh các hoạt động để duy trì tỷ lệ tiêm chủng đầy đủ các loại vaccine trong TCMR cho trẻ dưới 1 tuổi đạt trên 95% trên phạm vi cả nước, đảm bảo an toàn tiêm chủng và phòng chống nhiễm SARS-CoV-2. Cũng trong năm 2021, dự kiến sẽ có trên 90% số huyện của cả nước được trang bị hệ thống tủ lạnh mới, đảm bảo đủ năng lực và chất lượng bảo quản vaccine.
Dự án sẽ tiếp tục rà soát các địa phương nguy cơ cao, đặc biệt tại các địa phương chưa được triển khai chiến dịch trong các năm 2018-2020 để tiêm chủng bổ sung vaccine MR (phòng bệnh sởi-rubella) cho trẻ em ở các vùng nguy cơ cao nhằm đạt độ bao phủ tiêm chủng ở mức cao, chủ động không để dịch xảy ra. Theo đó, sẽ có khoảng 1 triệu trẻ từ 1-5 tuổi được tiêm bổ sung vaccine này.