Tòa đã tuyên phạt các bị cáo: Phan Văn Anh Vũ 15 năm tù; Nguyễn Hữu Bách (sinh năm 1963, cựu Đại tá, Phó Cục trưởng Cục B61, Tổng cục V, Bộ Công an) và Phan Hữu Tuấn (sinh năm 1955, cựu Trung tướng, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục V, Bộ Công an) cùng bị phạt 5 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” theo quy định tại Điều 356, khoản 3 - Bộ luật Hình sự năm 2015.
Tổng hợp với bản án trước đó về tội “Cố ý làm lộ bí mật Nhà nước,” hình phạt chung áp dụng với bị cáo Nguyễn Hữu Bách là 11 năm tù, bị cáo Phan Hữu Tuấn là 12 năm tù.
Riêng đối với bị cáo Phan Văn Anh Vũ, bản án hình sự phúc thẩm ngày 31/10/2018 của Tòa án nhân dân cấp cao tại Hà Nội xử phạt 8 năm tù về tội “Cố ý làm lộ bí mật nhà nước” đã có hiệu lực pháp luật, hình phạt đã được Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh tổng hợp trong Bản án hình sự sơ thẩm số 498/2018/HS-ST ngày 20/12/2018, nhưng Bản án hình sự sơ thẩm số 498/2018/HS-ST ngày 20/12/2018 của Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh chưa có hiệu lực pháp luật do có kháng cáo của bị cáo nên Hội đồng xét xử không có căn cứ để tổng hợp hình phạt, đề nghị Chánh án Tòa án nhân dân có thẩm quyền tổng hợp hình phạt khi ra quyết định thi hành án.
Hai bị cáo Bùi Văn Thành (sinh năm 1959, cựu Trung tướng, Thứ trưởng Bộ Công an) bị Tòa tuyên phạt 30 tháng tù; bị cáo Trần Việt Tân (sinh năm 1955, cựu Thượng tướng, Thứ trưởng Bộ Công an) bị phạt 36 tháng tù về cùng tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” theo quy định tại Điều 285, khoản 2 - Bộ luật Hình sự năm 1999.
Hội đồng xét xử nhận định: Các bị cáo trong vụ án hầu hết là những người có chức vụ cao, quan trọng trong ngành Công an nhưng đã không giữ được phẩm chất đạo đức, bản lĩnh và truyền thống tốt đẹp của ngành mà lợi dụng chức trách, nhiệm vụ được giao giúp sức tích cực cho Phan Văn Anh Vũ hoặc thiếu trách nhiệm để Phan Văn Anh Vũ lợi dụng tổ chức bình phong làm công cụ để thâu tóm các dự án nhà, đất công sản có vị trí đắc địa ở thành phố Đà Nẵng và Thành phố Hồ Chí Minh, gây thiệt hại đặc biệt lớn cho Nhà nước. Hành vi phạm tội của các bị cáo gây bức xúc trong dư luận, gây mất lòng tin của nhân dân, cần được xét xử nghiêm minh trước pháp luật.
Về giá trị tài sản của Nhà nước bị thiệt hại, Hội đồng xét xử cho rằng, Cơ quan Điều tra đã yêu cầu định giá tài sản tại hai thời điểm: Thời điểm hành vi phạm tội và thời điểm khởi tố vụ án. Tại phiên tòa, các luật sư bào chữa cho các bị cáo đều cho rằng việc xác định giá trị tài sản phải được xác định tại thời điểm hành vi phạm tội như trong Kết luận điều tra, Viện Kiểm sát xác định giá tài sản tại thời điểm khởi tố vụ án là không có cơ sở. Hội đồng xét xử nhận thấy, tài sản của Nhà nước bị thiệt hại ngay tại thời điểm các bị cáo thực hiện hành vi phạm tội nên hậu quả của vụ án phải được xác định tại thời điểm tài sản bị xâm phạm. Theo đó, Hội đồng xét xử xác định, quan điểm của những người bào chữa về căn cứ xác định thiệt hại trong bản Kết luận điều tra là có căn cứ, đúng pháp luật.
Bản án sơ thẩm cho rằng, Phan Văn Anh Vũ có vai trò cao nhất trong vụ án, bị cáo đã lợi dụng danh nghĩa doanh nghiệp bình phong, là người chủ mưu và thực hành tích cực, hành vi của bị cáo gây thiệt hại đặc biệt lớn cho Nhà nước, với tổng số tiền hơn 135 tỷ đồng.
Bị cáo Nguyễn Hữu Bách và bị cáo Phan Hữu Tuấn có vai trò ngang nhau. Bị cáo Tuấn đã chỉ đạo bị cáo Bách soạn thảo, ký nháy văn bản; bị cáo Tuấn đã ký nháy hoặc trực tiếp ký ban hành và tham mưu trình lãnh đạo Tổng cục V, lãnh đạo Bộ Công an ký ban hành các văn bản tạo điều kiện và giúp sức tích cực cho Phan Văn Anh Vũ thực hiện các hành vi phạm tội, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 132 tỷ đồng.
Với hành vi thiếu trách nhiệm, bị cáo Trần Việt Tân đã gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 36 tỷ đồng, bị cáo Bùi Văn Thành gây thiệt hại hơn 3,5 tỷ đồng. Tại phiên tòa, hai bị cáo đã thành khẩn khai báo, nhận thức được hành vi phạm tội của mình, ăn năn hối cải.
Tòa cấp sơ thẩm cũng kiến nghị Cơ quan Cảnh sát Điều tra tiếp tục làm rõ các hành vi cấp đất của các cơ quan chức năng có thẩm quyền tại Thành phố Hồ Chí Minh và thành phố Đà Nẵng, nếu có vi phạm sẽ xử lý theo quy định của pháp luật.
