Theo KLTT, CN Cty Nhựt Phát (số 430, tổ 9, ấp Đông Thành, xã Tân Đông, huyện Tân Châu) là đơn vị hạch toán phụ thuộc vào Cty TNHH Sản xuất tinh bột khoai mì Nhựt Phát (số 1923, tỉnh lộ 8, xã Bình Mỹ, huyện Củ Chi, TP HCM). Từ 2018 - 6/2022, số thuế GTGT qua thanh tra xác định CN Cty Nhựt Phát phải nộp tại Tây Ninh là hơn 11,1 tỷ đồng, nhưng đơn vị này chỉ thực hiện nộp hơn 2,8 tỷ đồng.
Bên cạnh đó, CN Cty Nhựt Phát và Cty Nhựt Phát có dấu hiệu sử dụng không hợp pháp hóa đơn GTGT, mua hóa đơn không có hàng hóa để gian lận, trốn thuế. Hóa đơn mua vào của Cty Nhựt Phát từ 11 Cty tại TP HCM (không phải doanh nghiệp sản xuất) đều chuyển qua nhiều địa điểm kinh doanh, sau đó tạm ngừng hoạt động, ngừng hoạt động, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký. Tổng doanh số mua vào của các Cty này là hơn 916 tỷ đồng, thuế GTGT là hơn 98 tỷ đồng.
Về thuế thu nhập DN (TNDN), CN Cty Nhựt Phát và Cty Nhựt Phát sử dụng hóa đơn không hợp pháp của Cty TNHH Thực phẩm Trần Cao. Đoàn thanh tra loại trừ chi phí giá vốn tương ứng hơn 115 tỷ đồng, dẫn đến tăng thuế TNDN phải nộp là 23 tỷ đồng.
Về thuế tài nguyên, CN Cty Nhựt Phát kê khai sai căn cứ tính thuế tài nguyên nước (khai sai số lượng thành phẩm sản xuất, từ đó xác định sai lượng nước tiêu hao phải nộp thuế) làm giảm số tiền thuế tài nguyên phải nộp là hơn 794,9 triệu.
Theo UBND tỉnh, những hành vi trên là rất nghiêm trọng gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước, nguyên nhân là do CN Cty Nhựt Phát và Cty Nhựt Phát không chấp hành đúng các quy định của pháp luật về thuế. Trách nhiệm thuộc về người đứng đầu CN Cty Nhựt Phát và chủ sở hữu, người đại diện theo pháp luật Cty Nhựt Phát, các Cty và cá nhân có liên quan. “Căn cứ Luật Thanh tra, chuyển hồ sơ vụ việc vi phạm pháp luật có dấu hiệu của tội “Trốn thuế” theo Điều 200 BLHS với Cty TNHH Sản xuất tinh bột khoai mì Nhựt Phát - Chi nhánh Tây Ninh sang Cơ quan CSĐT để tiếp tục điều tra làm rõ xử lý đúng theo quy định pháp luật. Đồng thời, làm rõ xác định số thuế TNDN mà đơn vị này trốn thuế để thu hồi nộp đúng quy định”, KLTT nêu rõ.