Theo Hội đồng xét xử (HĐXX), tại tòa, các bị cáo khai nhận hành vi phạm tội như tòa sơ thẩm đã nêu. Riêng bị cáo Tuấn kháng cáo kêu oan, không thừa nhận hành vi phạm tội. Quá trình điều tra, bị cáo khai nhận tội vì cho rằng do áp lực. Tại tòa phúc thẩm, bị cáo cho rằng mình không phạm tội.
HĐXX nhận định bị cáo Tuấn với vai trò Chủ tịch Hội đồng thẩm định, bị cáo buộc phải biết rõ việc chuyển nhượng dự án cần tiến hành thẩm định giá, đấu giá công khai, minh bạch. Tuy nhiên, bị cáo đã cố ý hiểu sai quy định của pháp luật, từ đó tạo điều kiện cho bị cáo Lê Tấn Hùng phạm tội, gây thất thoát tài sản của Nhà nước.
Với kháng cáo của bị cáo Tuấn, theo HĐXX, bị cáo là người có trình độ đại học, trải qua nhiều cương vị công tác, có trình độ hiểu biết về bất động sản. Bị cáo biết rõ việc chuyển nhượng dự án Sagri phải tiến hành thẩm định giá, khi họp hội đồng có nhiều thành viên chưa đồng thuận về việc chuyển nhượng, hồ sơ chuyển nhượng chưa đảm bảo, chưa có phương án thoái vốn... Tuy nhiên, bị cáo Tuấn vẫn ký tờ trình chấp thuận cho Sagri chuyển nhượng dự án trái pháp luật gây thiệt hại hơn 384 tỷ đồng của Nhà nước. Do đó, tòa cấp sơ thẩm tuyên bị cáo Tuấn là có căn cứ, đúng người, đúng tội, không oan sai, không có cơ sở giảm nhẹ hình phạt cho bị cáo.
Xét kháng cáo của bị cáo Tuyến, theo HĐXX, tại tòa, bị cáo cho rằng bản thân không hưởng lợi, không vụ lợi mà chỉ phạm tội do sơ suất. HĐXX nhận định bị cáo Tuyến buộc phải biết rõ dự án Sagri không đủ điều kiện chuyển nhượng, nhưng vẫn ký Quyết định 6077 gây thiệt hại tài sản Nhà nước. Do đó, tòa sơ thẩm tuyên phạt bị cáo là có căn cứ.
Tuy nhiên, theo HĐXX cấp phúc thẩm, bị cáo phạm tội một phần do nể nang cấp dưới, tin tưởng cơ quan chức năng có chuyên môn. Bị cáo có tình tiết giảm nhẹ là quá trình công tác có nhiều đóng góp, được tặng nhiều bằng khen, giấy khen, nên HĐXX chấp nhận kháng cáo giảm nhẹ một phần hình phạt.
Đối với bị cáo Hùng, theo HĐXX, đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn để chuyển nhượng dự án nhà ở tại phường Phước Long B (quận 9). Ngoài ra, bị cáo lập khống dự án, bàn bạc cấp dưới chỉ đạo cấp dưới lập 10 hồ sơ, hợp đồng khống cho cán bộ, nhân viên Sagri đi tham quan, học tập kinh nghiệm tại nước ngoài, chiếm đoạt tiền của Sagri nhưng thực tế không có hợp đồng nào được thực hiện trong năm 2016. Nên không có căn cứ giảm nhẹ hình phạt cho bị cáo về tội Tham ô tài sản.
Đối với tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản gây thất thoát lãng phí; bị cáo Hùng biết rõ việc chuyển nhượng dự án khu nhà ở tại khu phố 4, phường Phước Long B (quận 9) chưa đủ điều kiện chuyển nhượng, nhưng vẫn chỉ đạo cấp dưới hoàn thành thủ tục, ký văn bản đề nghị UBND TP HCM chấp thuận nhằm chuyển nhượng toàn bộ dự án cho TCty Phong Phú gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 348 tỷ đồng.
Bị cáo Hùng không có tình tiết tăng nặng, quá trình công tác có nhiều bằng khen, giấy khen. Tại tòa phúc thẩm, bị cáo có nhiều tình tiết giảm nhẹ như gia đình có hoàn cảnh khó khăn, vợ con bị bệnh, mẹ có công với cách mạng. HĐXX chấp nhận kháng cáo, giảm nhẹ một phần hình phạt.
Với kháng nghị của VKSND TP cho rằng cần xác định thiệt hại của vụ án là hơn 672 tỷ đồng. HĐXX đánh giá cần xác định thiệt hại tại thời điểm Hùng và đồng phạm thực hiện tội phạm, ký hợp đồng với TCty Phong Phú. Theo kết luận định giá tài sản vào tháng 12/2019 thì giá trị quyền sử dụng đất đã có hạ tầng tại thời điểm ký Hợp đồng chuyển nhượng dự án (22/12/2017) là hơn 348 tỷ đồng.
Trong khi đó, cáo trạng xác định thiệt hại hơn 672 tỷ đồng, tại thời điểm khởi tố vụ án (5/7/2019) để buộc các bị cáo chịu trách nhiệm hình sự là chưa phù hợp; nên tòa không chấp nhận.
HĐXX cấp phúc thẩm không chấp nhận kháng nghị của VKSND TP HCM; không chấp nhận kháng cáo của bị cáo Tuấn, Nguyễn Thị Thúy (nguyên Kế toán trưởng Sagri), Nguyễn Thị Tuyết Mai (nguyên Trưởng phòng Nhân sự hành chính Sagri).
Chấp nhận một phần kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt của bị cáo Tuyến, Hùng, Đoàn Quang Hồi (nguyên GĐ Cty TNHH TMDV Lữ hành Hòa Bình Quốc tế). Tòa phúc thẩm quyết định xử phạt bị cáo Tuyến 5 năm tù về tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản gây thất thoát lãng phí; Hùng 10 năm tù về tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản gây thất thoát lãng phí, và 14 năm tù về tội Tham ô tài sản, tổng hình phạt chung 24 năm tù; Hồi 6 năm tù về tội Tham ô tài sản.
Tòa phúc thẩm quyết định hủy án sơ thẩm, đình chỉ vụ án với bị cáo Hồ Văn Ngon do bị cáo Ngon đã tử vong.