Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội đã quyết định thay đổi tội danh truy tố đối với 19 bị cáo gồm: Lê Đình Uy, Lê Đình Quang, Nguyễn Văn Quân, Bùi Văn Tiến, Bùi Văn Tuấn, Trịnh Văn Hải, Lê Đình Quân, Bùi Văn Niên, Bùi Thị Nối, Trần Thị La, Nguyễn Văn Duệ, Nguyễn Thị Bét, Nguyễn Xuân Điều, Nguyễn Thị Lụa, Bùi Thị Đục, Mai Thị Phần, Đào Thị Kim, Lê Thị Loan, Nguyễn Văn Trung từ tội “Giết người” (theo quy định tại Điều 123 – Bộ luật Hình sự năm 2015) sang tội “Chống người thi hành công vụ” (theo quy định tại Điều 330 – Bộ luật Hình sự năm 2015).
Đối với nhóm 6 bị cáo Lê Đình Công, Lê Đình Chức, Lê Đình Doanh, Bùi Viết Hiểu, Nguyễn Quốc Tiến, Nguyễn Văn Tuyển, Viện Kiểm sát quyết định giữ nguyên tội danh “Giết người” như cáo trạng đã truy tố.
Trên cơ sở đó, đại diện Viện Kiểm sát đã đề nghị mức án đối với 29 bị cáo. Cụ thể, đối với nhóm các bị cáo bị truy tố về tội “Giết người”, đại diện Viện Kiểm sát đã đề nghị Hội đồng xét xử tuyên phạt các bị cáo: Lê Đình Công, Lê Đình Chức mức án tử hình; Lê Đình Doanh mức án tù chung thân; Bùi Viết Hiểu và Nguyễn Quốc Tiến mức án từ 16 - 18 năm tù; Nguyễn Văn Tuyển mức án từ 14 - 16 năm tù.
Đối với nhóm các bị cáo bị truy tố về tội “Chống người thi hành công vụ”, đại diện Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử tuyên phạt các bị cáo: Lê Đình Uy, Lê Đình Quang, Nguyễn Văn Quân từ 6 - 7 năm tù; Bùi Văn Tiến từ 5 - 6 năm tù; các bị cáo Lê Đình Quân, Trịnh Văn Hải, Bùi Thị Nối từ 4 - 5 năm tù; các bị cáo Bùi Thị Đục, Bùi Văn Tuấn, Trần Thị La, Nguyễn Thị Bét, Nguyễn Văn Duệ, Nguyễn Xuân Điều từ 3 - 4 năm tù; các bị cáo Nguyễn Thị Lụa từ 2 năm 6 tháng - 3 năm tù; Mai Thị Phần, Bùi Văn Niên từ 2 năm - 2 năm 6 tháng tù; Lê Thị Loan 2 năm 6 tháng - 3 năm tù treo; Đào Thị Kim 2 năm - 2 năm 6 tháng tù treo; Nguyễn Văn Trung từ 18 - 24 tháng tù treo; các bị cáo Lê Đình Hiển, Bùi Viết Tiến, Nguyễn Thị Dung, Trần Thị Phượng từ 15 - 18 tháng tù treo.
Trong bản luận tội, đại diện Viện Kiểm sát nhận định, nhóm 19 bị cáo được đề nghị thay đổi tội danh đã tích cực chuẩn bị công cụ, phương tiện, các loại hung khí nguy hiểm, hoạt động theo sự phân công của Lê Đình Kình và Lê Đình Công. Do đó, đánh giá một cách tổng thể thì hành vi của 19 bị cáo này đều đồng phạm giúp sức cho các bị cáo khác về tội "Giết người" như Cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội đã truy tố là có căn cứ pháp luật.
Tuy nhiên, sau khi đánh giá lời khai nhận tội của các bị cáo tại Cơ quan điều tra và lời khai nhận tội của các bị cáo tại phiên tòa, đại diện Viện Kiểm sát nhận thấy: Hầu hết các bị cáo này là nông dân, khi nghe Kình, Công và Hiểu lôi kéo kích động, hứa sẽ được chia đất nên đã tham gia “Tổ đồng thuận” để chiếm đất Đồng Sênh và đi theo Kình, Công, Hiểu thực hiện những hành vi vi phạm pháp luật, gây ảnh hưởng đến trật tự trị an tại địa phương. Do bị lôi kéo kích động nên từng bị cáo đã tham gia thực hiện tội phạm ở từng giai đoạn và từng mức độ nhất định. Trong đó, có bị cáo làm thủ quỹ, đưa tiền, góp tiền mua xăng, mua lựu đạn; có bị cáo trực tiếp làm bom xăng, bùi nhùi, xăng, mua pháo sáng, chuẩn bị gạch đá; có bị cáo tham gia vận chuyển, chuẩn bị công cụ phương tiện để giúp sức cho nhóm của Công thực hiện tội phạm giết người.
Qua xét hỏi công khai tại phiên tòa, các bị cáo này đã cơ bản biết rằng vì nhận thức pháp luật hạn chế, do được hứa hẹn nên đã mù quáng tin tưởng và đi theo Lê Đình Kình. Các bị cáo đã nhận thức được sai phạm, khai báo thành khẩn, ăn năn hối cải. Xét về bản chất, các bị cáo này đều không phải là những đối tượng chống đối quyết liệt, tham gia có mức độ, phạm tội với lỗi cố ý gián tiếp và đặc biệt là không trực tiếp thực hiện hành vi dẫn đến hậu quả làm 3 cán bộ công an bị tử vong tại hiện trường. Do vậy, Viện Kiểm sát đã vận dụng chính sách pháp luật hình sự, đường lối khoan hồng nhân đạo của Nhà nước, để áp dụng tội danh nhẹ hơn và theo đó có áp dụng hình phạt nhẹ dưới mức thấp nhất của khung hình phạt đối với một số bị cáo, tạo điều kiện cho các bị cáo có cơ hội làm lại cuộc đời.
Trên cơ sở đó, căn cứ vào Điều 319 – Bộ luật Tố tụng Hình sự năm 2015, Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội đã quyết định thay đổi tội danh truy tố đối với 19 bị cáo có tên nêu trên từ tội “Giết người”, sang tội “Chống người thi hành công vụ” và đề nghị Hội đồng xét xử xem xét giảm nhẹ cho các bị cáo một phần hình phạt, để các bị cáo thấy được sự khoan hồng của pháp luật, yên tâm cải tạo, tu dưỡng thành công dân có ích cho xã hội.