Tại cuộc họp, các ý kiến đã nêu một số điểm chưa thống nhất về cơ quan thường trực. Phó Viện trưởng VKSNDTC Trần Công Phàn cho biết VKSNDTC sẵn sàng nhận nhiệm vụ nhưng cho rằng, nếu giao cho Ban Nội chính Trung ương thì sẽ hiệu quả hơn.
Trong khi đó, đại diện Ban Nội chính Trung ương thì cho rằng, VKSNDTC là cơ quan kiểm sát hoạt động tư pháp nên đảm nhận nhiệm vụ thường trực là phù hợp.
Theo Thứ trưởng Trần Tiến Dũng, Đề án 250 về tiếp tục đổi mới và nâng cao hiệu quả hoạt động GĐTP đã giao cho các cơ quan nhiệm vụ nghiên cứu, trình cấp có thẩm quyền thành lập Tổ tư vấn liên ngành về GĐTP. Tổ này gồm đại diện Ban Nội chính Trung ương, VKSNDTC, Bộ Công an, TANDTC, Bộ Tư pháp và đề nghị VKSNDTC là cơ quan thường trực.
Tổ tư vấn liên ngành hoạt động kiêm nhiệm, làm đầu mối tổng hợp, nghiên cứu, tham mưu cho Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng, chống tham nhũng các giải pháp tháo gỡ vướng mắc, khó khăn về GĐTP trong quá trình chỉ đạo, giải quyết án tham nhũng. Vì vậy, Thứ trưởng đề nghị trước mắt thống nhất triển khai nhiệm vụ đã giao tại Đề án 250, trong quá trình triển khai mà gặp phải khó khăn, vướng mắc mới báo cáo lên Chính phủ.