Bộ GTVT nghiêm khắc phê bình tập thể Lãnh đạo Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam - VEC (trong giai đoạn thực hiện Dự án), Ban Quản lý dự án trong quá trình thực hiện Dự án xây dựng đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình (giai đoạn 1) đã để xảy ra các tồn tại như Kiểm toán đã nêu; đồng thời, khẩn trương tiến hành kiểm điểm các tổ chức, cá nhân có liên quan trực tiếp đến những sai sót mà Kiểm toán Nhà nước kết luận và thông báo tới toàn thể cán bộ, công chức, viên chức, người lao động trong Tổng Công ty (TCty) để rút kinh nghiệm thực hiện các dự án tiếp theo.
Cảnh cáo lần thứ nhất đối với TCty Tư vấn thiết kế GTVT và các nhà thầu phụ là đơn vị có liên quan về trách nhiệm đối với nhiều nội dung tồn tại của Dự án và cũng là một trong những nguyên nhân làm tăng tổng mức đầu tư các dự án. Bộ GTVT trừ điểm trong danh sách xếp hạng và đăng tải các vi phạm trên trang Web của Bộ GTVT về đấu thầu đối với đơn vị Tư vấn thiết kế (TCty Tư vấn thiết kế giao thông vận tải và các đơn vị thầu phụ), Tư vấn giám sát (Công ty QCI – Cộng hòa Cu Ba), các đơn vị thi công (Cienco1, TCty Xây dựng Trường Sơn, Vinaconex, Công ty Phương Thành, Công ty TĐXD Thăng Long, Công ty 479, Công ty TNHH MTV Xây dựng cầu 75, Cienco 4, Cienco 5, Cienco 6, Cienco 8, Công ty Vạn Cường và các đơn vị thầu phụ).
Bộ GTVT thống nhất không cho Công ty QCI - Cộng hòa Cu Ba và đơn vị thí nghiệm (thuộc Công ty TNHH Tư vấn công nghệ thiết bị và kiểm định xây dựng, Công ty TNHH Xây dựng công trình giao thông 481) tham gia các dự án do VEC làm chủ đầu tư trong thời gian 2 năm. Đối với 10 kỹ sư tư vấn nước ngoài (Cu Ba), thống nhất không để tiếp tục quay lại làm giám sát tại công trình giao thông ở Việt Nam.
Ngoài ra, Bộ này thống nhất với đề xuất của VEC về hình thức xử lý cấm không cho tham gia các dự án do VEC làm chủ đầu tư trong thời gian 2 năm đối với các phòng thí nghiệm: Phòng thí nghiệm Gói thầu số 5 LAS XD 160 - thuộc Công ty TNHH Tư vấn công nghệ thiết bị và kiểm định xây dựng; Phòng thí nghiệm Gói thầu số 6: LAS XD 620 – thuộc Công ty TNHH Xây dựng công trình giao thông 481; đồng thời yêu cầu các đơn vị thi công không thanh toán chi phí thí nghiệm đối với các hạng mục còn tồn tại về chất lượng theo ý kiến của Kiểm toán Nhà nước và kết quả kiểm định của CONINCO.
Trước đó, theo kết quả kiểm toán của Kiểm toán Nhà nước, tại công trình đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình, Kiểm toán Nhà nước phát hiện sai từ công tác khảo sát đến lập dự án. Theo Kiểm toán Nhà nước, công tác khảo sát bước lập dự án và việc lựa chọn phương án thiết kế ban đầu chưa tối ưu đã dẫn đến phải điều chỉnh dự án và tổng mức đầu tư (2 lần) với giá trị tăng từ 3.734 tỉ đồng lên 8.974 tỉ đồng, đội giá tới hơn 5.200 tỷ đồng.
