Ông Thanh bị cách tất cả các chức vụ trong Đảng vì đã ký ban hành một số văn bản có nội dung sai lệch, không đúng sự thật liên quan đến lĩnh vực quản lý đất đai trên cương vị Phó Chủ tịch xã Cẩm Thanh.
Cụ thể, năm 2008, khi còn đương chức Phó Chủ tịch UBND xã Cẩm Thanh (TP Hội An), ông Lê Thanh đã tham mưu cho các cấp thẩm quyền về hồ sơ cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất của hộ bà Từ Thị Bảy. Trong khi đất đang có tranh chấp, khiếu nại nhưng ông Thanh vẫn xác nhận thửa đất của bà Bảy không có tranh chấp, khiếu nại. Các cơ quan chuyên môn của TP Hội An đã căn cứ vào nội dung mà ông Thanh đã xác nhận để tham mưu cho UBND TP. Hội An cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đối với thửa đất số 122, tờ bản đồ số 10 cho hộ bà Từ Thị Bảy.
Do việc cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho bà Bảy không đúng quy định pháp luật, cấp sai diện tích đất nên người dân liên quan đã có đơn khiếu nại. Vụ khiếu kiện kéo dài từ tháng 9/2010 đến tháng 1/2018, với vai trò Chủ tịch UBND xã Cẩm Thanh là người có trách nhiệm thực hiện giải quyết khiếu nại. Tuy nhiên, ông Thanh không thực hiện việc giải quyết khiếu nại, mà tiếp tục ký xác nhận một số văn bản trái pháp luật để tạo điều kiện cho bà Bảy thực hiện các thủ tục đất đai, làm thất thoát của nhà nước 731,7m2 đất.
Ban Thường vụ thành ủy TP Hội An xác định, vi phạm của ông Lê Thanh, Chủ tịch UBND xã Cẩm Thanh đã tạo ra dư luận xấu, gây bức xúc rất lớn trong cán bộ, đảng viên và nhân dân. Do đó, Ban Thường vụ Thành ủy TP Hội An quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức cách tất cả các chức vụ trong Đảng đối với ông Lê Thanh.