Trong khoảng hơn 300 tấn chất thải y tế mỗi ngày trên phạm vi toàn quốc chỉ có 1/3 số chất thải rắn được đốt bằng lò điện hiện đại và có thể đảm bảo an toàn môi trường. Thống kê cho thấy, hiện cả nước có gần 200 lò đốt rác thải y tế chuyên dụng, trong đó có 2 xí nghiệp đốt rác tập trung tại Hà Nội và TP HCM. Còn lại là các lò đốt rác cỡ trung bình và cỡ nhỏ. Số lò đốt rác này mới chỉ phục vụ cho 453 bệnh viện và cơ sở y tế, chiếm khoảng 40% số bệnh viện.
Hơn nữa, các lò đốt rác chủ yếu tập trung ở các bệnh viện tỉnh trở lên và một số bệnh viện tuyến huyện thuộc các thị xã, thành phố. Còn lại có tới 33% bệnh viện tuyến huyện và tỉnh không có hệ thống lò đốt chuyên dụng phải xử lý chất thải y tế nguy hại bằng các lò đốt thủ công, chôn trong khuôn viên bệnh viện hoặc thải trực tiếp ra bãi rác chung nơi có đông dân cư sinh sống và không ít được tuồn bán ra ngoài để tái chế. Đây thực sự là những mối nguy đe dọa môi trường và cuộc sống người dân.
Đánh giá của Tổng cục Môi trường (Bộ Tài nguyên và Môi trường) cũng cho biết, trong thời gian qua, công tác thu gom, lưu trữ chất thải y tế đã được quan tâm. Tuy vậy, đối với các cơ sở khám chữa bệnh ở địa phương việc xử lý, thu gom rác thải y tế vẫn chưa đạt hiệu quả. Tính đến năm 2015, tỷ lệ chất thải rắn y tế được thu gom đạt 75%. Hầu hết các bệnh viện đều tiến hành thu gom, phân loại chất thải nhưng phương tiện thu gom còn thiếu và chưa đồng bộ, hầu hết chưa đạt chuẩn, không có trang thiết bị đảm bảo cho quá trình vận chuyển được an toàn.
Tại các cơ sở khám chữa bệnh trực thuộc sự quản lý của Bộ Y tế, phần lớn chất thải rắn y tế phát sinh được thu gom và vận chuyển đến các khu vực lưu giữ tập trung sau đó được xử lý tại các lò thiêu đốt nằm ngay trong cơ sở hoặc ký hợp đồng vận chuyển và xử lý đối với các cơ sở xử lý chất thải đã được cấp phép tại địa bàn cơ sở khám chữa bệnh đó.
So với giai đoạn trước, việc thu gom và xử lý chất thải rắn nguy hại đã được tăng cường. Tuy nhiên, việc đầu tư vẫn chưa được đồng bộ ở các tỉnh, TP. Đặc biệt là hoạt động thu hồi và tái chế chất thải rắn y tế nhiều nơi thực hiện không đúng theo quy chế quản lý chất thải rắn y tế đã được ban hành.