Dự án được lập, triển khai đưa vào sử dụng từ tháng 12/2015, đã được Kiểm toán Nhà nước hoàn thành việc kiểm toán, cơ bản quyết toán xong với Bộ Giao thông Vận tải (GTVT). Tuy nhiên, việc thu phí của dự án suốt một thời gian dài vừa qua đã bị nhiều đối tượng gây rối, chủ đầu tư đã nhiều lần báo cáo với Bộ GTVT, Bộ Công an, UBND tỉnh Khánh Hòa, nhưng vẫn chưa có giải pháp tháo gỡ triệt để, dẫn đến hiện nay tiếp tục có những diễn biến phát sinh rất phức tạp.
Theo Cty BOT Khánh Hòa thì từ tháng 8/2017 đến nay, do hiệu ứng dây chuyền phản ứng người dân ở các trạm thu phí BOT QL5, QL6, Biên Hòa, Cai Lậy... nên tại Trạm thu phí Ninh Lộc (Khánh Hòa) đã xuất hiện phản ứng của một nhóm người dân địa phương đòi giảm giá vé với hình thức tương tự như các trạm khác là mua vé bằng tiền lẻ hoặc mua vé đưa thừa 100 đồng và yêu cầu trả lại... Thực hiện đúng chỉ đạo của Chính phủ, đảm bảo hài hòa lợi ích của nhân dân, chủ đầu tư đã thực hiện nhiều giải pháp rất cầu thị: Chủ động đàm phán, đề xuất Bộ GTVT giảm phí, thực hiện lộ trình giảm phí theo sự thống nhất với Bộ GTVT. Tuy nhiên, các hành vi gây rối ngày càng leo thang như: Uy hiếp nhân viên thu phí, cướp vé, phá tài sản trạm thu phí, hành hung lái xe của Phó Giám đốc Công an tỉnh Khánh Hòa... và ngay cả khi có Công điện số 82/CĐ-TTTg ngày 18/01/2018 của Thủ tướng Chính phủ về bảo đảm an ninh trật tự tại các trạm thu giá dịch vụ sử dụng đường bộ theo hình thức hợp đồng BOT nhưng các sự việc gây rối, mất an ninh tại trạm thu phí vẫn tiếp tục xảy ra.
Đặc biệt, từ ngày 26/2/2019 đến nay, tại Trạm thu phí Ninh Lộc xuất hiện nhóm khoảng 10 người xâm nhập vào khu vực trạm thu phí, mặc dù đã có biển báo “khu vực thu phí không phận sự cấm vào”. Ngoài ra, nhóm người này còn đăng lên các trang mạng xã hội các thông tin sai lệch về dự án như: Tổng mức đầu tư, thời gian thu phí hoàn vốn, số tiên thu phí hàng ngày theo các con số nhóm tự đưa ra để tính thời gian thu phí hoàn vốn của dự án, đồng thời tự đưa thông tin vừa bị mất cắp số liệu đếm xe nhằm tránh chịu trách nhiệm khi công bố thông tin sai lệch.
Cũng theo Cty BOT Khánh Hòa, việc tuyên truyền thông tin không đúng này gây hiểu nhầm cho nhiều người, gây bức xúc để lôi kéo nhiều người tham gia phản đối trạm thu phí. Đồng thời nhóm người này đã kích động người dân của các xã khác thuộc thị xã Ninh Hòa không được miễn, giảm phí vì không thuộc đối tượng theo quy định của Bộ GTVT về miễn, giảm phí dịch vụ sử dụng đường bộ cho khu vực lân cận trạm thu phí.
Ông Trần Văn Thế - Phó Tổng Giám đốc Cty BOT Khánh Hòa bức xúc: “Điều chúng tôi ngạc nhiên là nhóm người trên nhân danh là “người dân giám sát” nhưng trên thực tế, họ chỉ là một nhóm rất nhỏ. Trong đó, người đóng vai trò chủ chốt là ông Nguyễn Minh Hùng, thường trú tại thôn Phong Thạnh, xã Ninh Lộc, thị xã Ninh Hòa, tỉnh Khánh Hòa. Đây là đối tượng đã trực tiếp gây rối tại trạm trong suốt thời gian qua cho dù đối tượng này được miễn phí nhưng vẫn tham gia lôi kéo, kích động cổ vũ các lái xe khác.”
Nhà đầu tư đã báo cáo các vụ việc với Công an tỉnh Khánh Hòa và các bên liên quan ngay sau các lần nhóm này thực hiện hành vi cản trở giao thông tại các Văn bản số 15/2017/BQLDA.BOT ngày 23/8/2017; Văn bản số 30/2017/BQLDA.BOT ngày 03/11/2017; Văn bản số 35/2017/BQLDA.BOT ngày 03/12/2017. Đặc biệt,theo Nhà đầu tư, đây là đối tượng đã tổ chức các đợt gây rối tương tự tại nhiều trạm thu phí trên cả nước như: Trạm Bắc Hải Vân (Thừa Thiên Huế), trạm Bến Thủy (Nghệ An), trạm Bắc Thăng Long - Nội Bài (Hà Nội),...
Hiện nay, nhóm người này vẫn đang tiếp tục việc ngồi đếm xe trong khu vực thu phí của Trạm thu phí Ninh Lộc và tiếp tục đưa thông tin lên mạng xã hội. “Nhóm đối tượng trên đang làm thay việc của cơ quan quản lý Nhà nước và những thông tin mà nhóm người này đưa lên mạng xã hội, thông tin cho các trang mạng nước ngoài là hoàn toàn không chính xác, có tính chất gây nhiễu loạn thông tin, làm người dân bất an và hoài nghi về tính minh bạch của nhà đầu tư, mất niềm tin vào chủ trương kêu gọi đầu tư theo hình thức công-tư (PPP) của Đảng và Nhà nước ta. Về các số liệu này, Nhà đầu tư đã yêu cầu Bộ GTVT, cơ quan chức năng cung cấp cho các cơ quan thông tấn, báo chí, công khai cho người dân và trên thực tế, những số liệu này đã được thanh tra của các Bộ, ngành và cơ quan kiểm toán Nhà nước hàng năm giám sát sát sao, hoàn toàn minh bạch.”, ông Thế cho biết.
Ông Thế cũng khẳng định: “Nhà đầu tư luôn hoan nghênh việc minh bạch trong đầu tư và sẵn sàng đối chất với các số liệu đã được thanh kiểm tra, giám sát nhưng cần được tôn trọng, bảo vệ quyền lợi hợp pháp. Chúng tôi sẵn sàng cung cấp những số liệu này cho bất kỳ cơ quan chức năng hoặc truyền thông nào quan tâm. Để thực hiện một dự án BOT phải thực hiện qua nhiều công đoạn mới tính toán ra phương án tài chính và thời gian thu phí; Các kết quả đầu tư để vay được vốn phải qua nhiều khâu thẩm định xác định vốn góp và vốn vay mới hình thành ra sản phẩm. Các cuộc thanh tra, kiểm toán thường xuyên diễn ra, đặc biệt khi chất lượng công trình phải đối mặt với nạn xe quá tải, quá khổ và thiên tai lũ lụt luôn là gánh nặng của các nhà đầu tư Việt Nam”.
Cũng theo Cty BOT Khánh Hòa những vụ việc tranh chấp thu phí kéo dài cùng cách giải quyết không hiệu quả, các thông tin một chiều gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến việc xã hội hóa các nguồn lực đầu tư trong lĩnh vực xây dựng giao thông,đồng thời đang khiến các nhà đầu tư mất đi niềm tin khi bỏ vốn, vay tiền, nhưng không có sự chia sẻ hỗ trợ của các bên liên quan.
Cty BOT Khánh Hòa cũng vừa chính thức có văn bản gửi Bộ GTVT, Tổng cục Đường bộ đề nghị công bố Biên bản Kiểm tra, Giám sát ngày 3/11/2018 về các kết quả giám sát lưu lượng tại Trạm thu phí Ninh Lộc, thực hiện theo Quyết định số 3931/QĐ-TCĐBVN của Tổng cục Đường bộ, để người dân và các cơ quan truyền thông nắm bắt kịp thời, chính xác nhằm tránh việc hiểu lầm và đưa thông tin chưa được kiểm chứng, gây ảnh hưởng đến dư luận xã hội.
Cty BOT Khánh Hòa cũng đề nghị Bộ GTVT thành lập đoàn kiểm tra về tình hình thu phí của trạm trong thời gian 3 tháng, trong đó mời chính quyền địa phương và người dân cùng tham gia. Sau khi có số liệu chính thức, sẽ công khai lên phương tiện thông tin đại chúng. Đồng thời, chủ đầu tư cũng đề nghị cơ quan chức năng điều tra làm rõ hành vi vi phạm pháp luật của nhóm đối tượng gây rối tại Trạm Ninh Lộc.
Ngày 7/3/2019, Cty BOT Khánh Hòa đã có báo cáo số 38/2019/ĐC.BOT gửi Ban Tuyên giáo Trung ương, Bộ GTVT, Bộ Công an, Bộ Thông tin và Truyền thông, Văn phòng Chính phủ, Ngân hàng Nhà nước nêu rõ những bất cập của Trạm thu phí BOT Ninh Lộc và các trạm thu phí BOT khác như nguy cơ mất khả năng kiểm soát tại các trạm thu phí, gây nhiễu loạn thông tin trong xã hội. Đồng thời nhà đầu tư cũng đề xuất, kiến nghị với các cơ quan này một số biện pháp nhằm chấn chỉnh, tháo gỡ những khó khăn, bất cập hiện tại.
