Năm 2010, Cty Đại Yên (do ông Phùng Văn Tiến làm Giám đốc) lập hồ sơ đề nghị chấp thuận địa điểm, nghiên cứu lập và thực hiện dự án đầu tư xây dựng Trung tâm thể thao & Chăm sóc sức khỏe cộng đồng Đại Yên; được UBND Hà Nội chấp thuận tại Văn bản 9393/UBND-KH-ĐT ngày 1/11/2011. Theo hồ sơ, nguồn gốc đất trên là đất công do UBND xã quản lý, cho một số hộ dân thầu khoán thả cá, sản xuất gạch.
Năm 2012, Cty Đại Yên nộp hồ sơ xin cấp giấy chứng nhận đầu tư. Đến ngày 23/10/2013, Sở KH&ĐT đã cấp Giấy biên nhận đăng ký đầu tư số 04/GBN-KH&ĐT cho Cty này để thực hiện dự án.
Ngày 7/4/2014, UBND Hà Nội có Quyết định 1834/QĐ-UBND thu hồi 99.938m2 đất tại xã Đại Yên cho Cty Đại Yên thuê thực hiện dự án. Ngày 4/10/2016, Sở TN&MT lập biên bản định vị mốc giới trên thực địa, giao Cty Đại Yên quản lý để chống lấn chiếm với diện tích 17.600m2 bao quanh phần diện tích còn lại của dự án.
Sau gần 5 năm được giao đất, Cty Đại Yên không thực hiện thủ tục xin phép xây dựng các hạng mục công trình của dự án, mà thay vào đó là tự ý xây dựng hàng loạt công trình như cổng, tường bao toàn bộ 99.938m2 đất, xây nhà điều hành dự án nhưng lại để cho thuê đặt trạm đặt thu phát sóng (năm 2014)… Hạng mục quan trọng của dự án là nhà dưỡng lão đã đăng ký, đến nay vẫn chưa được triển khai xây dựng.
Trong quá trình Cty xây dựng các công trình vi phạm trên, UBND xã, Đội Thanh tra xây dựng huyện và UBND huyện đã kiểm tra, lập biên bản hiện trạng về việc Cty xây công trình trên đất chưa có quyền sử dụng hợp pháp, chưa được cấp phép xây dựng. Tuy nhiên, lực lượng chức năng lại không lập biên bản yêu cầu ngừng thi công xây dựng hay ra quyết định đình chỉ, cũng không xử lý công trình vi phạm.
Theo UBND TP Hà Nội, UBND xã Đại Yên, Đội Thanh tra xây dựng và UBND huyện đã không thực hiện đúng quy định tại khoản 1, khoản 2 Điều 10 Nghị định 180/2007/NĐ-CP và khoản 6 Điều 13 Nghị định 121/2013/NĐ-CP.
Bức xúc trước những vi phạm trên, người dân đã có đơn gửi Chủ tịch UBND TP tố cáo địa phương buông lỏng quản lý với dự án. Tại Kết luận nội dung tố cáo của công dân số 56/KL-UBND ngày 2/6/2020, UBND Hà Nội khẳng định, trách nhiệm để xảy ra những vi phạm trên thuộc UBND huyện, UBND xã, Đội Thanh tra xây dựng huyện giai đoạn 2014-2016.
TP yêu cầu UBND huyện nghiêm túc rút kinh nghiệm với tập thể, cá nhân để xảy ra vi phạm trên; khẩn trương chỉ đạo các đơn vị chức năng kiểm tra, thiết lập hồ sơ vi phạm về quản lý trật tự xây dựng tại dự án, xử lý nghiêm theo quy định.
TP cũng yêu cầu Sở TN&MT chủ trì, phối hợp UBND huyện và xã tổ chức kiểm tra việc quản lý, sử dụng đất của Cty Đại Yên, xem xét xử lý vi phạm theo thẩm quyền, hoặc kiến nghị cấp thẩm quyền xử lý. Tuy nhiên, từ khi UBND TP Hà Nội có chỉ đạo đến nay, các vi phạm của Cty Đại Yên vẫn chưa được xử lý dứt điểm.