Theo nhiều ĐBQH, dự thảo Luật BVTV qui định chi phí thu gom, tiêu hủy thuốc BVTV được lấy từ ngân sách địa phương hay phí bảo vệ môi trường là không phù hợp khi “không gắn trách nhiệm của cơ sở sản xuất đối với việc thu gom, tiêu hủy thuốc BVTV” như nhận định của ĐB Triệu Thị Thu Phương (tỉnh Bắc Kan), khi nhiều địa phương còn chưa cân đối được ngân sách (ĐB Nguyễn Thị Thu Hằng (tỉnh Nam Định)…
Nên nhiều ĐBQH thấy rằng, cần bổ sung qui định “cơ sở sản xuất phải nộp phí để thu gom, bao gói thuốc BVTV, giao nguồn phí đó cho chính quyền cấp xã sử dụng và tổ chức thu gom, tiêu hủy”. ĐB Nguyễn Hữu Hùng (tỉnh Tiền Giang) kiến nghị, bổ sung qui định khuyến khích các chủ thể đóng góp kinh phí cho việc vận hành hệ thống thu gom, bao gói thuốc BVTV, phát huy trách nhiệm trong bảo vệ môi trường.
Cùng với đó, có ý kiến cho rằng, qui định của dự thảo Luật về kinh phí chống dịch (từ chủ thực vật, Nhà nước và nguồn khác) là khó xác định trách nhiệm nên cần làm rõ vai trò của Nhà nước trong việc đầu tư nguồn kinh phí chống dịch. Chủ thực vật cũng phải đóng góp một phần kinh phí để phòng chống dịch bệnh đối với thực vật thuộc quyền sở hữu nhằm tạo tính chủ động cho chủ thực vật trong công tác phòng chống dịch và đảm bảo tính kịp thời cho công tác này.
Các ĐBQH cũng thảo luận về tổ chức hệ thống cơ quan bảo vệ và kiểm dịch thực vật, phí và lệ phí trong hoạt động bảo vệ và kiểm dịch thực vật, gia hạn giấy đăng ký thuốc BVTV, trách nhiệm của các cơ quan quản lý nhà nước, trách nhiệm của người sử dụng thuốc BVTV…