Hiện cả nước có 86 trạm thu phí BOT do Bộ GTVT quản lý, trong đó đã có 45 trạm đang thu phí, với 16 trạm thu theo mức Thông tư số 90/2004/TT-BTC và 29 trạm thu theo mức của Thông tư 159/2013/TT-BTC.
Trong 45 trạm nói trên có 5 trạm áp dụng mức thu cao nhất, gồm 2 trạm trên quốc lộ 5, 2 trạm thu phí quốc lộ 1 tại cầu Bến Thủy (tỉnh Nghệ An) và trạm Cầu Gianh (tỉnh Quảng Bình).
Căn cứ vào nguyên tắc điều chỉnh giảm phí và kiến nghị của Bộ Tài chính, Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ đồng ý không điều chỉnh giảm mức thu với các trạm thu phí trên quốc lộ có mức thu theo Thông tư 90 vì mức thu các trạm này thấp.
Đồng thời đồng ý giảm 10-15% mức thu đối với phương tiện nhóm 4 (xe có trọng tải từ 10 tấn đến dưới 18 tấn; xe chở hàng bằng container 20 feet) và nhóm 5 (xe tải trọng từ 18 tấn trở lên, xe chở hàng container 40 feet) của các trạm (29 trạm) có mức thu tối đa khung tại Thông tư 159; giảm 10-20% mức phí đối với phương tiện nhóm 1 (xe dưới 12 ghế ngồi, xe có tải trọng dưới 2 tấn, các loại xe buýt), nhóm 2 (xe từ 12-30 ghế ngồi, xe tải từ 2 tấn đến dưới 4 tấn) của 5 trạm có mức thu phí cao nhất nói trên để bảo đảm tương đồng với các trạm thu phí khác.
Phó Thủ tướng đề nghị tạm dừng không tăng phí trong năm 2016 với các trạm thu phí hoạt động trước năm 2014, không bổ sung dự án mới, nhưng có lộ trình tăng phí trong năm nay.