Ông Thành bị kỷ luật bằng hình thức giáng chức xuống làm Cục phó. Trước đó, tại buổi làm việc với đoàn công tác Tổng cục Thuế vào đầu tháng 9, ông Thành tự nhận mức kỷ luật trên. Bộ Tài chính cũng đã có thông báo về việc không bổ nhiệm lại với ông Phạm Ngọc Hải, Cục phó Cục Thuế Bình Định; bố trí làm nhân viên Văn phòng Cục Thuế.
Hồi cuối tháng 4/2014, Bộ trưởng Tài chính đã ký quyết định tiếp nhận và bổ nhiệm ông Nguyễn Công Thành, Phó Giám đốc Sở KH&ĐT Bình Định giữ chức vụ Cục trưởng Cục Thuế. Đầu tháng 5/2019, Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế đã ban hành quyết định cho thôi giữ chức vụ Cục trưởng với ông Thành, đồng thời bổ nhiệm Cục phó Đào Hữu Phúc giữ chức vụ Cục phó phụ trách Cục Thuế Bình Định.
Dưới thời lãnh đạo của ông Thành, Cục Thuế Bình Định liên tục xảy ra nhiều lùm xùm liên quan công tác quản lý thuế. Ví dụ vụ ông Hồ Minh Khiêm (54 tuổi, ngụ TP Quy Nhơn, cựu Trưởng phòng Thanh tra thuế Cục Thuế Bình Định) bị bắt quả tang nhận hối lộ 130 triệu; vụ hoàn thuế giá trị gia tăng tại TP Quy Nhơn khiến ngân sách thất thoát hàng chục tỷ đồng (đang được Công an Bình Định điều tra, xử lý).
Cuối năm 2018, UBND tỉnh Bình Định đã ban hành kết luận thanh tra về các sai phạm trong việc quản lý thuế, liên quan đến trách nhiệm nhiều lãnh đạo, cán bộ Cục Thuế tỉnh đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn cố ý làm trái quy định Nhà nước về quản lý thuế gây thiệt hại ngân sách Nhà nước, dấu hiệu tiếp tay một số doanh nghiệp chiếm đoạt tiền hoàn thuế. Hành vi này có dấu hiệu tội phạm nên Chủ tịch tỉnh giao Chánh Thanh tra tỉnh chuyển hồ sơ sang Công an tỉnh điều tra, làm rõ.
Chủ tịch tỉnh cùng yêu cầu Cục trưởng Thành, Cục phó Hải, ông Nguyễn Trung Thành, nguyên Cục phó Cục Thuế Bình Định và một số cán bộ thuế khác có trách nhiệm thu hồi gần 13,4 tỷ tiền hoàn thuế GTGT sai quy định.
