Theo đó, bên cạnh một số ưu điểm trong công tác xây dựng và hoàn thiện thể chế, công tác giám sát, thanh tra, kiểm tra, xử phạt vi phạm hành chính; quản lý hoạt động chứng khoán;... Thanh tra Chính phủ đã phát hiện một số khuyến điểm, tồn tại và yếu kém tại Ủy ban Chứng khoán Nhà nước.
Cụ thể, về công tác xây dựng và hoàn thiện thể chế còn những tồn tại, hạn chế: phạm vi điều chỉnh của Luật Chứng khoán còn hẹp, mới bao hàm những nội dung cơ bản nhất, phù hợp với một thể chế thị trường chứng khoán mới hoạt động với các công cụ chứng khoán, các hoạt động giao dịch cũng như hệ thống quản lý đơn giản và chưa đáp ứng được yêu cầu thực tiễn; việc xây dựng và hoàn thiện các văn bản hướng dẫn còn chậm so với quy định của pháp luật.
Trong quản lý các hoạt động dịch vụ thuộc lĩnh vực chứng khoán còn có những tồn tại, hạn chế trong việc chấp thuận tư cách thành viên và cấp giấy chứng nhận đăng ký thành viên tại HNX; Việc kiểm tra bát thường đối với HNX, HOSE và VSD theo quy định của Bộ Tài chính chưa được thực hiện; công nợ phải thu khó đòi của Quỹ hỗ trợ thanh toán tại thời điểm 30/6/2013 do VSD quản lý đối với công ty chứng khoán SME là 3,628 tỷ đồng, công ty chứng khoán Tràng An là 3,309 tỷ đồng.
Ủy ban Chứng khoán Nhà nước chậm có kế hoạch sử dụng khoản kinh phí 45,097 tỷ đồng để xây dựng trụ sở cơ quan; đến ngày 15/9/2013, nợ phí quản lý công ty đại chúng chưa có khả năng thu hồi 4,896 tỷ đồng.
Việc thực hiện 6 gói thầu về công nghệ thông tin còn có khuyết điểm: Hợp đồng giao nhận thầu giữa chủ đầu tư và nhà thầu các gói thầu không có điều khoản quy định đối tượng bảo hiểm, mức bảo hiểm, thời gian bảo hiểm và trách nhiệm của các bên; Ủy ban Chứng khoán không lập đề cương và dự toán chi tiết trình Bộ Tài chính; Cục trưởng Cục Công nghệ thông tin lập dự toán gói thầu nâng cấp cổng thông tin điện tử Ủy ban Chứng khoán chưa đúng quy định...
Thanh tra Chính phủ đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính phối hợp với các Bộ, ngành có liên quan xây dựng đề án trình Chính phủ để trình Quốc hội cho phép nghiên cứu, sửa đổi, bổ sung Luật Chứng khoán theo hướng mở rộng phạm vi điều chỉnh của Luật Chứng khoán; xử lý một số vướng mắc trong thực tiễn, trong đó có vướng mắc về thẩm quyền của Ủy ban Chứng khoán Nhà nước trong điều tra hành chính; xử lý những vướng mắc về thẩm quyền ban hành quy chế, quy định, quy trình của HNX, HOSE, VSD…
Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị Bộ trưởng Bộ Tài chính, Chủ tịch Ủy ban Chứng khoán Nhà Nước, trên cơ sở phân cấp quản lý cán bộ, Bộ trưởng Bộ Tài chính tổ chức kiểm điểm, chấn chỉnh và xử lý theo thẩm quyền về các khuyết điểm, tồn tại nêu trên.
Ngoài ra, yêu cầu Ủy ban Chứng khoán Nhà nước thu hồi nợ phí quản lý công ty đại chúng tồn đọng trên 4,8 tỷ đồng; Có kế hoạch sử dụng khoản kinh phí trên 45 tỷ đồng để xây dựng trụ sở cơ quan Ủy ban Chứng khoán Nhà nước...
