Những vi phạm của GS Chu Hảo bắt đầu từ khi ông nghỉ hưu và chuyển sang công tác ở Liên hiệp Các hội khoa học và kỹ thuật VN - năm 2005,
Trong các năm 2005 - 2009, ông đã cho xuất bản 5 cuốn sách có nội dung chính trị tư tưởng sai trái, bị cơ quan chức năng thẩm định, kết luận, xử lý cấm phát hành.
Với cuốn “Đường về nô lệ” của F.A.Hayek, nội dung cuốn sách đã thổi phồng các mặt hạn chế của chủ nghĩa xã hội (CNXH), đánh đồng CNXH ở Liên Xô với chủ nghĩa phát xít; phủ nhận hoàn toàn hệ thống triết học, chính trị, kinh tế, văn hóa của CNXH, phủ định chủ nghĩa Mác, gắn mô hình kinh tế của Liên Xô trước đây với mô hình của chủ nghĩa phát xít, cho rằng tất yếu mô hình đó sẽ dẫn đến nô lệ. Cuốn “Karl Marx” của Peter Singer, đưa ra những nhận xét sai lầm về học thuật, phủ định những nội dung tư tưởng cốt lõi của chủ nghĩa Marx.
Cuốn sách “Tranh luận để đồng thuận” có một số bài viết có những luận điểm đi ngược chủ trương của Đảng về phát triển kinh tế - xã hội.
Cuốn sách “Việt Nam thay đổi và hạnh phúc” có những quan điểm, nhận định, đánh giá thiếu căn cứ khoa học, mơ hồ về chính trị, hết sức sai lầm, lệch lạc, trái với những quan điểm, chủ trương đường lối của Đảng.
Cuốn sách “Ông Sáu Dân trong lòng dân” cho thấy nhà xuất bản có dấu hiệu khuynh hướng tập hợp những bài viết về những người có quan điểm khác với chủ trương, đường lối của Đảng, nhằm “gợi ý”, “gợi mở” một hướng đi khác, cách nhìn khác không có lợi cho sự nghiệp xây dựng đất nước.
Trước những sai phạm trên, Năm 2009, UBKT Đảng ủy Khối các cơ quan T.Ư đã tiến hành kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm và kết luận vi phạm của ông Chu Hảo đã đến mức phải kỷ luật khiển trách. Tuy nhiên, UBKT Đảng ủy Khối các cơ quan T.Ư đã miễn kỷ luật do xét các tình tiết giảm nhẹ như công lao, quá trình cống hiến, sự thành khẩn của ông; yêu cầu ông kiểm điểm nghiêm túc, rút kinh nghiệm sâu sắc về những thiếu sót, khuyết điểm và có biện pháp sửa chữa.
Mặc dù vậy, từ năm 2009 - 2018, ông vẫn tiếp tục xuất bản những cuốn sách có nội dung vi phạm, trong đó có 2 cuốn nội dung vi phạm về chính trị, tư tưởng bị cấm phát hành; 17 cuốn sai phạm ở mức độ ít nghiêm trọng và 5 cuốn không được phép tái bản.
Từ diễn biến đó, Cổng thông tin của UBKT kết luận: ông đã cố tình vi phạm các vấn đề đã được cấp có thẩm quyền kiểm tra, nhắc nhở.
Ngoài việc cho xuất bản những cuốn sách có nội dung sai trái, GS Chu Hảo còn tham gia ký vào các thư kiến nghị, thư ngỏ và có nhiều bài viết trên báo chí trong và ngoài nước, mạng xã hội như: “Kiến nghị về sửa đổi Hiến pháp 1992” nêu 7 kiến nghị tập trung vào ba vấn đề cốt lõi: (1) Đòi bỏ điều 4 Hiến pháp; (2) Yêu cầu đa nguyên chính trị, đa đảng đối lập; (3) Đòi phi chính trị đối với lực lượng vũ trang; “Thư ngỏ gửi Ban Chấp hành Trung ương và toàn thể đảng viên Đảng Cộng sản”, nội dung thư ngỏ cho rằng Đảng đã dẫn dắt dân tộc đi theo đường lối sai lầm về xây dựng CNXH cùng với bộ máy cầm quyền quan liêu, tha hóa đã đưa đất nước lâm vào khủng hoảng toàn diện... “Thư gửi Bộ Chính trị, Ban Chấp hành Trung ương khóa XI, các đại biểu dự Đại hội lần thứ XII và toàn thể đảng viên Đảng Cộng sản VN” có nội dung phê phán đường lối lãnh đạo của Đảng trong 30 năm qua, khẳng định các văn kiện chuẩn bị trình Đại hội lần thứ XII còn nặng về nhận định và chủ trương sáo mòn, chưa nhìn đúng sự thật. Việc lấy chủ nghĩa Mác - Lênin làm nền tảng tư tưởng, kiên định theo con đường CNXH, độc lập dân tộc, xây dựng nhà nước pháp quyền và nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa là không thực tế... “Thư kiến nghị về luật An ninh mạng” trong đó kiến nghị bãi bỏ hoàn toàn một số điều của luật.
Ông cũng có các bài viết, bài phát biểu trên báo chí và mạng xã hội có nội dung sai trái. Bài viết “Không biết, không bầu” có những nội dung phê phán bầu cử Quốc hội khóa 14; cùng nhiều bài trả lời phỏng vấn trên các đài, báo nước ngoài có các nội dung sai trái (BBC, RFA, RFI).
UBKT TƯ cũng đã kết luận ông Chu Hảo cũng là người sáng lập, tham gia các hội, nhóm, diễn đàn, câu lạc bộ và các tổ chức khác và có các hoạt động để truyền bá, tư tưởng quan điểm sai trái của mình, như: Năm 2007, cùng một số nhà khoa học lập Viện Nghiên cứu phát triển (IDS, nay đã giải thể); là thành viên “Quỹ Văn hóa Phan Châu Trinh” sau đó là “Quỹ Phan Chu Trinh”, quỹ này trao giải cho cả cựu chiến binh Mỹ từng tham gia cuộc chiến tranh xâm lược VN...