Quyết định số 1498 nêu rõ, có 4 nguyên tắc lập quy hoạch, trong đó đáng chú ý nhất là phải đảo đảm tính thống nhất, đồng bộ giữa quy hoạch Cảng hàng không Tuy Hòa với các quy hoạch khác có liên quan; bảo đảm hài hòa lợi ích quốc gia, vùng, địa phương; lợi ích giữa Nhà nước, nhà đầu tư và người dân.
Quy hoạch có mục tiêu nghiên cứu phương án quy hoạch phát triển Cảng hàng không Tuy Hòa theo từng giai đoạn đến năm 2030 và tầm nhìn đến năm 2050; đề xuất lộ trình đầu tư phù hợp nhằm đáp ứng nhu cầu vận tải; đưa ra giải pháp chủ yếu để thực hiện quy hoạch.
Đơn vị được giao lập quy hoạch có nhiệm vụ khảo sát, điều tra, thu thập các số liệu cần thiết phục vụ công tác lập quy hoạch; điều tra, thu thập các số liệu quá khứ và hiện trạng khai thác của cảng; cập nhật các dự án đã và đang triển khai tại cảng; dự báo nhu cầu vận tải thông qua và đánh giá khả năng, các phương án điều chỉnh quy hoạch cảng hàng không, bao gồm khu bay và khu hàng không dân dụng cũng như các nội dung liên quan khác.
Bộ GTVT giao UBND tỉnh Phú Yên chỉ đạo các đơn vị tổ chức lựa chọn tư vấn lập quy hoạch Cảng hàng không Tuy Hòa theo quy định của pháp luật, chịu trách nhiệm về kết quả lựa chọn; bảo đảm tư vấn được lựa chọn đáp ứng điều kiện về năng lực chuyên môn theo quy định.
Cục Hàng không Việt Nam được giao phối hợp chặt chẽ với UBND tỉnh Phú Yên và các cơ quan, đơn vị có liên quan trong quá trình tổ chức lập quy hoạch, hướng dẫn xây dựng và hoàn thiện sản phẩm tài trợ; chịu trách nhiệm tiếp nhận sản phẩm tài trợ là hồ sơ quy hoạch và trình Bộ GTVT thẩm định, phê duyệt theo quy định.
Theo quy hoạch Cảng hàng không Tuy Hòa, tỉnh Phú Yên giai đoạn đến năm 2015 và định hướng đến năm 2025 đã được Bộ trưởng Bộ GTVT phê duyệt vào năm 2007, sân bay Tuy Hòa có chức năng là cảng hàng không nội địa, được dùng chung dân dụng và quân sự, cấp cảng hàng không là 4C (theo phân cấp của ICAO) và sân bay quân sự cấp I.
Đường cất hạ cánh sân bay Tuy Hòa có đủ khả năng khai thác thường xuyên các loại máy bay A320/A321, B737-200/300 và tương đương. Đến năm 2025, Cảng hàng không Tuy Hòa có thể tiếp nhận 300.000 lượt hành khách/năm, 2.000 tấn hàng hóa/năm.
