Đầu tiên là thiết kế cơ sở chưa đúng. Dự án BOT Nam Bình Định sử dụng lại cống cũ ngang đường, thiết kế mặt đường bê tông nhựa tại một số vị trí thường xuyên ngập là chưa phù hợp với thực tế, thiếu đồng bộ, dẫn đến mặt đường tại khu vực đó luôn bị ngập khi thời tiết mưa, có nơi ngập sâu ảnh hưởng đến chất lượng công trình.
Khi phê duyệt thiết kế cơ sở, Bộ Giao thông Vận tải cho phép phá dỡ 9 cầu cũ để xây mới, tuy nhiên khi quyết định điều chỉnh thiết kế cơ sở lại cho phép giữ lại 7 cầu cũ để sửa chữa, sử dụng... không đồng bộ với tải trọng cho phép. Do vậy mà ảnh hưởng đến nền đường, từ đó suy giảm chất lượng và tuổi thọ công trình.
Xe tải trọng lớn chạy, dừng, đỗ ảnh hưởng đến nền đường nhưng thu phí sử dụng đường bộ theo hình thức điện tử tự động thì triển khai ì ạch. Tổng cục Đường bộ Việt Nam tự cho phép nhà đầu tư BOT Nam Bình Định gia hạn thực hiện việc thu phí không dừng là chưa đúng thẩm quyền là một trong những nguyên nhân dư luận có phản ứng về tính minh bạch trong việc thu phí và thời gian thu phí, gây ùn tắc giao thông, gây bức xúc cho người dân...
Nhà thầu thi công thì sử dụng vật liệu đá dăm từ nhiều mỏ có tính chất cơ lý khác nhau nên chất lượng bê tông nhựa thiếu sự đồng nhất và ổn định, do đó khi gặp các yếu tố bất lợi thì bê tông nhựa dễ bị phá vỡ; sử dụng vật liệu tưới dính bám của mặt đường chưa đúng quy định... Công tác giám sát, nghiệm thu thực hiện chưa đúng quy định, còn để một số nhà thầu sử dụng vật liệu chưa đúng hồ sơ thiết kế…
TTCP xác định rõ như thế, nhưng một lãnh đạo Cục Quản lý đường bộ 3 (Tổng cục Đường bộ Việt Nam) lại “phân bua”, trong giai đoạn đầu tư dự án BOT Bắc Bình Định, các tấm đan đều không phải tấm chịu lực và chỉ để phục vụ dân sinh. Thời điểm đó, số hộ dân kinh doanh, doanh nghiệp chưa có, đồng ruộng còn nhiều, tốc độ khai thác của phương tiện còn thấp...
Tóm lại, cách phân bua trên có thể được hiểu rằng nguyên nhân được chỉ ra là do tốc độ đô thị hóa cao, mật độ phương tiện lớn và khi đưa vào khai thác, vận hành, nhiều phương tiện cơ giới tải trọng lớn đậu đỗ, chạy lên các tấm đan dẫn đến việc vỡ, sập tấm đan. Tức là do thời tiết và phương tiện mà thôi!