Trước tình hình này, Bộ Y tế cho biết, việc tử vong sau tiêm chủng có thể xảy ra ở tất cả các loại VX chứ không phải chỉ có Quinvaxem và không phải tất cả các trường hợp tử vong sau tiêm chủng là do nguyên nhân phản ứng quá mẫn cá thể đối với VX, mà còn có nguyên nhân trùng hợp ngẫu nhiên với các bệnh lý khác sẵn có của trẻ tại thời điểm sau tiêm chủng. (Tại Việt Nam, mỗi ngày có khoảng 70 trẻ em dưới 1 tuổi bị tử vong do các nguyên nhân khác nhau như nhiễm trùng huyết, viêm não - màng não, viêm phổi, suy hô hấp, bệnh tim bẩm sinh, đột tử, sặc sữa...).
Hiện, tỷ lệ phản ứng nặng sau tiêm VX Quinvaxem của Việt Nam là 4,5/1.000.000 liều, thấp hơn tỷ lệ cho phép của WHO (20/1.000.000 liều).
Trước quan điểm cho rằng VX Quinvaxem tiêm trong chương trình tiêm chủng mở rộng là không an toàn và VX có chứa thành phần ho gà vô bào Infanrix Hexa (6 trong 1) hoặc Pentaxim (5 trong 1) sử dụng dưới hình thức tiêm dịch vụ là tuyệt đối an toàn, Bộ Y tế khẳng định việc thay thế VX cần phải dựa trên các bằng chứng khoa học, không thể cứ xảy ra trường hợp tai biến nặng sau tiêm chủng là thay thế ngay loại VX đang sử dụng mà phải tìm hiểu rõ vấn đề an toàn tiêm chủng, tính sinh miễn dịch của loại VX dự kiến thay thế, tiếp đó là nguồn cung ứng VX, nguồn tài chính bảo đảm.
Nhưng bất kỳ loại VX nào cũng có tỷ lệ phản ứng nhất định và không ai dám khẳng định là loại VX mới thay thế khi được triển khai sẽ không xảy ra tử vong.
Việc thay thế VX Quinvaxem bằng VX phối hợp chứa thành phần ho gà vô bào cũng đã được đặt ra, tuy nhiên Bộ Y tế cho hay, về vấn đề này còn nhiều ý kiến trái chiều. Hiện nay nguồn cung ứng các VX này trên thế giới và tại Việt Nam rất khó khăn, không có để sử dụng ngay cả trong tiêm dịch vụ.
Nguyên nhân chủ yếu là do các nhà sản xuất cần nhiều thời gian mới có thể đưa được sản phẩm ra thị trường kể từ lúc được đặt hàng, nên chỉ cung cấp cho các nước đã đặt hàng với số lượng lớn từ mấy năm trước. Từ nay đến cuối năm, thậm chí hết năm 2016, sẽ vẫn khan hiếm hai loại VX trên. Nếu tiếp tục chờ đợi, trẻ có thể sẽ bị mắc bệnh ho gà, bạch hầu, uốn ván, viêm gan B...
Để đảm bảo quyền lợi cho người dân, trẻ em Việt Nam ngày càng được tiêm chủng nhiều loại VX an toàn và hiệu quả, Bộ Y tế đang tiếp tục xem xét các giải pháp thay thế khi có đủ các bằng chứng khoa học và có nguồn cung ứng đủ VX thế hệ mới, đảm bảo nguồn tài chính, trong đó sử dụng VX an toàn, hiệu quả đặt lên hàng đầu.
