Biết chồng người phụ nữ đi vắng, Khánh đã đi bộ sang. Lúc này trong nhà chỉ có chị và con trai (SN 2003) đang ngủ. Khánh đi đến gần giường ngủ. Nghe tiếng động, chủ nhà tỉnh giấc lấy đèn pin soi. Thấy vậy, Khánh tiến lại gần nói tắt đèn đi rồi chui vào giường, ôm ghì lấy nạn nhân.
Người phụ nữ kháng cự và nói sẽ gọi con trai dậy, Khánh đe dọa nếu gọi thì sẽ giết chết vì có dao để trong túi quần. Sau khi thực hiện xong hành vi giao cấu, Khánh tiếp tục đe dọa nếu nói cho ai biết sẽ giết chết rồi về nhà...
Khoảng 7h30’ ngày 31/12/2017, khi chồng về đến nhà, nạn nhân đã kể việc mình bị Khánh cưỡng bức. Ngày 1/1/2018, chị đã có đơn tố cáo toàn bộ hành vi của Khánh đến Cơ quan CSĐT Công an huyện Phú Lương. Ngoài ra Khánh còn bị cháu nạn nhân tố cáo đến Cơ quan CSĐT Công an huyện Phú Lương về việc đã nhiều lần giao cấu khi cháu dưới 16 tuổi, làm cháu có thai.
Ngày 25/5/2018, Cơ quan CSĐT Công an huyện Phú Lương đã có kết luận điều tra và chuyển toàn bộ hồ sơ sang VKSND huyện Phú Lương đề nghị truy tố Nguyễn Văn Khánh về tội "Hiếp dâm" và "Giao cấu với trẻ em". Ngày 22/9/2018, VKSND huyện Phú Lương ban hành cáo trạng truy tố Nguyễn Văn Khánh về tội "Hiếp dâm" và "Giao cấu với trẻ em" theo Khoản 1, Điều 111 và Khoản 2, Điều 115 BLHS 1999.
Vụ án sau đó đã được TAND huyện Phú Lương đưa ra xét xử, nhưng quyết định trả hồ sơ. Đến ngày 27/2/2019, Cơ quan CSĐT Công an huyện Phú Lương đã ra Quyết định đình chỉ điều tra vụ án hình sự số 06 đối với Khánh về tội "Hiếp dâm", do đó người phụ nữ đã khiếu nại.
Ngày 19/3/2019, Cơ quan CSĐT Công an huyện Phú Lương có Quyết định giải quyết khiếu nại số 03 cho rằng: “Sự việc giao cấu xảy ra vào ban đêm, tại nhà của chị này, bản thân Khánh không có sự chuẩn bị hung khí, không có hành vi dùng vũ lực hoặc đe dọa dùng vũ lực. Mặt khác, người phụ nữ và Khánh có mối quan hệ quen biết là người cùng xóm... Phản ứng của người phụ nữ yếu ớt, không thực sự quyết liệt. Mặc dù đã tiến hành các hoạt động điều tra nhưng không có đủ căn cứ xác định bị can Khánh phạm tội "Hiếp dâm". Do đó, Cơ quan CSĐT Công an huyện Phú Lương đã Quyết định giữ nguyên nội dung quyết định đình chỉ điều tra vụ án hình sự số 06 đối với Nguyễn Văn Khánh về tội "Hiếp dâm”.
Người phụ nữ cho rằng, việc trả lời của Cơ quan CSĐT là thiếu khách quan, bởi trước và sau khi thực hiện hành vi của mình, Khánh luôn miệng đe dọa sẽ giết chết, vì sợ hãi trước sự đe dọa của Khánh, sức phụ nữ chân yếu tay mềm không thể kháng cự nổi, nên để bảo vệ tính mạng của hai mẹ con, chị đành phải “cắn răng” chịu cảnh bị Khánh cưỡng bức.
Hơn nữa trong hồ sơ vụ án, Khánh đã khai nhận hành vi của mình thể hiện ở nhiều bút lục và trong Kết luận điều tra số 26/KLĐT, Cơ quan CSĐT Công an huyện Phú Lương cũng đã xác định lời khai của Khánh phù hợp với lời khai của người phụ nữ.
Sau khi Báo PLVN vào cuộc tìm hiểu và có bài viết phản ánh về sự việc, ngày 12/8/2019, Cơ quan CSĐT Công an huyện Phú Lương đã ra Quyết định phục hồi điều tra vụ án hình sự số 03, Quyết định phục hồi điều tra bị can số 02 đối với vụ án Nguyễn Văn Khánh.