Trước đó, một số cổ đông, cán bộ công nhân viên Công ty cổ phần Tổng công ty phát triển năng lượng Nghệ An có nội dung khiếu nại, tố cáo Chánh án và một số thẩm phán TAND tỉnh Nghệ An xét xử vụ án Tranh chấp hợp đồng xây dựng và thanh quyết toán công trình giữa Công ty cổ phần Tổng công ty phát triển năng lượng Nghệ An với Tổng công ty 36 – đường Hồ Đắc Dy, quận Đống Đa, Hà Nội.
Theo hồ sơ vụ án, vụ tranh chấp hợp đồng xây dựng về thanh quyết toán công trình giữa nguyên đơn là Tổng công ty 36, bị đơn là Công ty cổ phần Tổng công ty phát triển năng lượng Nghệ An, TAND TP Vinh đã mở phiên tòa xét xử sơ thẩm, quyết định: “Chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Tổng công ty 36; buộc Công ty cổ phần Tổng công ty phát triển Năng lượng Nghệ An phải thanh quyết toán công trình xây dựng thủy điện Nậm Mô theo Hợp đồng xây dựng số 17/HĐXD-BVC-P2 và thanh toán số tiền còn lại hơn 47 tỷ đồng, cộng với lãi suất, nâng tổng số tiền lên 52 tỷ được đối trừ việc Tổng công ty 36 chịu phạt xây dựng chậm tiến độ 1,5 tỷ. Sau khi đối trừ nghĩa vụ Tổng công ty năng lượng phải thanh toán cho Tổng công ty 36 số tiền 51,2 tỷ.
Bản án sơ thẩm của TAND TP Vinh sau đó bị VKSND tỉnh Nghệ An ra Quyết định kháng nghị số 845/KN-VKSP10 kháng nghị nêu vi phạm của Tòa xét xử sơ thẩm. Thứ nhất vi phạm điều kiện khởi kiện, thứ 2 vi phạm trong thu thập chứng cứ, trong đánh giá chứng cứ thứ 5… tòa án tuyên về lãi suất chậm thi hành án. Theo kháng nghị của VKSND tỉnh Nghệ An, tòa cấp sơ thẩm vi phạm nghiêm trọng; làm thiệt hại lớn cho đương sự. Mà những vi phạm này làm cho Tòa phúc thẩm không thể khắc phục được?
Cũng theo quyết định kháng nghị, phiên tòa còn nhiều phức tạp, quyết định bản án chưa đầy đủ… Hoặc việc Bản án sơ thẩm nhận định: “Biên bản ngày 26/7/2012 áp dụng lương tối thiểu vùng nhân hệ số lương cộng các khoản phụ cấp theo quy định”. Theo bản án sơ thẩm thì việc tính toán điều chỉnh bù giá mà nguyên đơn đề nghị thanh toán giai đoạn cho cả hợp đồng là: 76,5 tỷ. Sau khi bàn giao công trình đã lập hồ sơ quyết toán, hai bên có vướng mắc về cách tính. Quá trình giải quyết cấp sơ thẩm, nguyên đơn yêu cầu bị đơn thanh quyết toán 2 hợp đồng với tổng giá trị hơn 207 tỷ và thanh toán tiền còn lại hơn 57 tỷ. Tổng giá trị thanh quyết toán do nguyên đơn cung cấp? Sau đó TAND tỉnh Nghệ An mở phiên Tòa phúc thẩm quyết định: “Không có căn cứ để chấp nhận một phần kháng cáo của Tổng công ty Năng lượng, có căn cứ để chấp nhận một phần kháng cáo của Tổng công ty 36…”.
Sau khi nghiên cứu, xem xét vụ án, ngày 15/11/2016 TAND Tối cao ra Quyết định kháng nghị giám đốc thẩm đối với bản án kinh doanh thương mại Phúc thẩm số 14/2016 của Tòa án tỉnh Nghệ An. TAND Tối cao xét thấy: Vụ án trên có nhiều vấn đề về giá nhân công, Công ty Năng lượng Nghệ An đồng ý tính bù giá nhân công nhưng theo lương tối thiểu chung. Vì Tổng công ty 36 là công ty Nhà nước nên việc trả lương cho công nhân phải tính theo quy định về hệ thống thang bậc lương trong công ty Nhà nước. Tổng Công ty 36 yêu cầu Công ty Năng Lượng bù giá nhân công theo mức lương tối thiểu gồm: Căn cứ vào biên bản làm việc ngày 22/5/2014 có nội dung hai bên áp dụng mức lương tối thiểu vùng theo 4 giai đoạn. Từ đó chấp nhận yêu cầu của nguyên đơn là không đúng. Bởi sau đó, ngày 15/9/2015 hai bên tiếp tục trao đổi với nhau và có văn bản làm việc vẫn không thống nhất được giá nhân công trong hồ sơ quyết toán. Có những vấn đề Tổng công ty Năng Lượng Nghệ An nhiều lần yêu cầu Tổng công ty 36 và Tòa án cho tiến hành giám định để đánh giá lương nhân công, giá vật liệu xây dựng, nhưng Tòa án không xem xét?
Một vấn đề nữa quyết định kháng nghị nhận định Tòa án các cấp chưa làm rõ mà đã phán quyết. Đó là việc Tổng Công ty 36 có thuê mướn người lao động thi công, thủy điện Nậm Mô hay không? Nếu đủ tài liệu chứng minh có việc thuê mướn người lao động thì mức lương có phù hợp với địa phương không? Nếu không chứng minh được phải áp dụng mức lương tối thiểu theo quy định của Chính phủ.
Ngày 14/8/2017, Ủy ban thẩm phán Tòa án Cấp cao tại Hà Nội mở phiên tòa Giám đốc thẩm nhận định như sau: Tại sao các cấp tòa không xem xét việc Tổng Công ty 36 cần giám định đơn giá nhân công, việc thuê mướn người lao động? Bởi vậy chưa chứng minh được, hoặc cần phải áp dụng mức lương tối thiểu chung theo quy định tại Nghị định 28/2009/NĐ-CP ngày 25/3/2010 của Chính phủ. Tòa sơ thẩm và phúc thẩm chưa làm rõ được các vấn đề trên mà đã đưa ra phán quyết là chưa đủ căn cứ, không bảo đảm quyền và lợi ích hợp pháp của các bên đương sự. Tòa án cần cho các bên đối chất một số vấn đề như nhật ký công trình, thuê mướn người… Từ đó mới có căn cứ tính giá được chính xác. Cấp Giám đốc thẩm Quyết định hủy toàn bộ bản án kinh doanh thương mại phúc thẩm số 14/2016/KDTM-PT ngày 12/9/2016 và bản án sơ thẩm 25/4/2016 của Tòa án nhân dân TP Vinh, giao cho cấp sơ thẩm xét xử lại từ đầu.