Theo nhận định của HĐXX, Dự án là công trình trọng điểm quốc gia. Dự án khởi công ngày 19/5/2013, đến ngày 1/8/2017 hoàn thành thông xe, đưa vào khai thác sử dụng giai đoạn I. Mặc dù công trình mới đưa vào khai thác giai đoạn I nhưng đã xảy ra 380 điểm hư hỏng. Thiệt hại được xác định là 811 tỷ đồng là số tiền VEC đã nghiệm thu, thanh toán cho các hạng mục công trình không đảm bảo chất lượng.
Hành vi của các bị cáo trực tiếp gây ra hậu quả là đường cao tốc bị hư hỏng nặng, ảnh hưởng xấu đến an toàn giao thông, giảm tuổi thọ chất lượng công trình. Hành vi của các bị cáo gây nguy hiểm cho xã hội, xâm phạm các quy định về đầu tư công trình xây dựng, gây thiệt hại số tiền cho Nhà nước đặc biệt lớn, gây bức xúc trong dư luận.
Trong vụ án này, các bị cáo là người có năng lực, có trách nhiệm trong việc đầu tư, sử dụng vốn của Nhà nước nhưng đã không tuân thủ quy định của pháp luật, gây hậu quả nghiêm trọng, đã phạm vào tội “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng”.
Xét hành vi sai phạm của từng bị cáo, theo HĐXX, bị cáo Nguyễn Mạnh Hùng (cựu Phó TGĐ VEC, chủ tịch Hội đồng nghiệm thu cơ sở) trong quá trình tổ chức thi công xây dựng không thực hiện đúng quy định được giao, cho thi công hạng mục công trình mà không có sự kiểm tra, không nghiệm thu đúng quy trình…
Bị cáo Lê Quang Hào (cựu Phó TGĐ VEC) đã không thực hiện đúng quy định của pháp luật dẫn đến chất lượng công trình không đảm bảo, gây hư hỏng sớm trong quá trình đưa vào khai thác. Bị cáo Hào đã tiến hành nghiệm thu công trình, hạng mục công trình hoàn thành đưa vào sử dụng không đúng quy định của pháp luật trong khi còn 5/7 gói thầu chưa hoàn thành thi công lớp bê tông nhựa tạo nhám VTO/Novachip, thậm chí cả lớp bê tông nhựa hạt mịn và bê tông nhựa hạt trung...
Ngoài ra, Lê Quang Hào còn cho áp dụng công nghệ thi công lớp bê tông nhựa tạo nhám VTO sang công nghệ thi công Novachip trong điều kiện VEC và các đơn vị liên quan chưa nghiên cứu, thử nghiệm hiệu quả của công nghệ này, không thông qua đơn vị Tư vấn thiết kế kỹ thuật…
Đối với bị cáo Takao Inami (quốc tịch Nhật Bản, Tư vấn trưởng, Giám đốc Văn phòng nhà thầu tư vấn giám sát Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi), HĐXX quyết định miễn trách nhiệm hình sự cho bị cáo.
Bởi theo HĐXX, bị cáo là người nước ngoài, đã trên 70 tuổi, không còn gây nguy hiểm cho xã hội. Bản thân bị cáo mong muốn dự án được thành công và đạt chất lượng, bị cáo phạm tội là do thiếu tuân thủ các quy định của pháp luật, bị cáo thành khẩn khai báo, thừa nhận trách nhiệm.
Ngoài ra, theo lời chủ tọa, việc miễn trách nhiệm hình sự cho bị cáo cũng dựa trên mối quan hệ ngoại giao hữu nghị Việt Nam - Nhật Bản, nhằm duy trì tình hữu nghị tốt đẹp giữa hai nước. Tuy nhiên, HĐXX kiến nghị cơ quan chức năng tiến hành các thủ tục để trục xuất bị cáo này theo thủ tục ngoại giao.
Đối với các bị cáo khác, theo HĐXX, các bị cáo có nhân thân tốt, bản thân được tặng thưởng nhiều giấy khen, bằng khen nên được xem xét, giảm nhẹ hình phạt khi lượng hình…
Kết thúc phiên tòa, HĐXX TAND TP Hà Nội tuyên phạt các bị cáo mức án từ 22 tháng tù đến cao nhất 8 năm 6 tháng tù, trong đó nhiều bị cáo được hưởng án treo.
Về dân sự, HĐXX buộc các nhà thầu thi công không đảm bảo chất lượng phải bồi thường số tiền 811 tỷ đồng cho VEC.