Theo đó, Phòng Đăng ký kinh doanh (ĐKKD) số 2 - Sở Kế hoạch và Đầu tư (KH&ĐT) Hà Nội cấp GCNĐKDN lần thứ 5 cho Cty TNHH Kim Anh trên cơ sở bộ hồ sơ được kê khai không đúng sự thật cả về nội dung và hình thức; chữ ký của Đoàn Minh Quân bị ký giả, đã có kết luận giám định của Viện Khoa học hình sự - Tổng cục Cảnh sát.
Ông Nguyễn Lương Thế có đơn khiếu nại, đề nghị thu hồi GCNĐKDN lần thứ 5 của Cty Kim Anh. Quá trình giải quyết khiếu nại, Phòng ĐKKD số 2 — Sở KH&ĐT biết bộ hồ sơ xin thay đổi đăng ký doanh nghiệp lần thứ 5 của Cty TNHH Kim Anh kê khai không đúng sự thật nhưng không tiến hành xác minh, dẫn đến kết quả giải quyết khiếu nại không đúng quy định của pháp luật; Sở KH&ĐT cũng không chỉ đạo Phòng ĐKKD số 2 - theo thẩm quyền quy định tại Điều 62, Điều 63 Nghị định 78/2015/NĐ-CP ngày 14/9/2015 của Chính phủ - thu hồi và hủy bỏ GCNĐKDN lần thứ 5 đã cấp cho Cty TNHH Kim Anh, dẫn đến việc ông Nguyễn Lương Thế tiếp tục có đơn gửi UBND TP Hà Nội.
UBND thành phố đã giao Thanh tra thành phố tiến hành xác minh. Thanh tra thành phố đã làm rõ hồ sơ xin thay đổi đăng ký doanh nghiệp lần thứ 5 của Cty TNHH Kim Anh kê khai không đúng sự thật cả về nội dung và hình thức, chữ ký người kê khai bị ký giả, đã có kết luận giám định của Viện Khoa học hình sự - Tổng cục Cảnh sát theo như khiếu nại của ông Nguyễn Lương Thế là đúng.
Trên cơ sở kết quả xác minh của Thanh tra thành phố, UBND thành phố đã có Văn bản số 6021/UBND-ĐT ngày 19/10/2016 chỉ đạo Sở KH&ĐT thu hồi GCNĐKDN lần thứ 5 đã cấp cho Cty TNHH Kim Anh nhưng Phòng ĐKKD số 2 - Sở KH&ĐT không kiểm tra, rà soát lại hồ sơ giải quyết khiếu nại, quyết định giải quyết khiếu nại theo thẩm quyền.
Theo quy định tại Điều 5 Luật Khiếu nại năm 2011 quy định về trách nhiệm giải quyết khiếu nại và phối hợp giải quyết khiếu nại, khoản 3 quy định: “Cơ quan, tổ chức, cá nhân có trách nhiệm kiểm tra, xem xét lại quyết định hành chính, hành vi hành chính, quyết định kỷ luật của mình; nếu trái pháp luật phải kịp thời sửa chữa, khắc phục, tránh phát sinh khiếu nại”.
Văn bản chỉ đạo của UBND thành phố là văn bản chỉ đạo điều hành nội bộ cơ quan nhà nước trong việc tổ chức thực hiện nhiệm vụ, công vụ, không thuộc đối tượng bị khiếu nại theo quy định tại Điều 11 Luật Khiếu nại năm 2011, tại khoản 1 quy định về khiếu nại thuộc một trong các trường hợp sau đây không được thụ lý giải quyết: “Quyết định hành chính, hành vi hành chính trong nội bộ cơ quan nhà nước để chỉ đạo, tổ chức thực hiện nhiệm vụ, công vụ; quyết định hành chính, hành vi hành chính trong chỉ đạo điều hành của cơ quan hành chính cấp trên với cơ quan hành chính cấp dưới…”; UBND thành phố không can thiệp vào hoạt động của doanh nghiệp theo như đơn ông Đoàn Minh Quân nêu, văn bản chỉ đạo của UBND thành phố đối với Sở KH&ĐT trong lĩnh vực thực hiện thủ tục hành chính về ĐKKD thuộc thẩm quyền của cơ quan hành chính, không phải hoạt động sản xuất kinh doanh trong doanh nghiệp.
Ngày 9/6/2017, UBND TP Hà Nội đã có Văn bản số 2813/UBND-ĐT trả lời ông Đoàn Minh Quân về việc ông có đơn khiếu nại và đề nghị UBND thành phố không được chỉ đạo Sở KH&ĐT thu hồi GCNĐKDN lần thứ 5 cấp cho Cty TNHH Kim Anh là không có căn cứ.
Ngày 12/6/2017, Cty TNHH Kim Anh tiếp tục có Văn bản số 48/2017/KA “kiến nghị khẩn cấp thu hồi dứt điểm GCNĐKDN lần 5 theo chỉ đạo của UBND TP Hà Nội” gửi Chủ tịch UBND TP Hà Nội đề nghị Phòng ĐKKD - Sở KH&ĐT thực hiện việc thu hồi và hủy GCNĐKDN lần thứ 5; đồng thời khôi phục GCNĐKDN lần thứ 4 cho Công ty theo đúng khoản 1 Điều 63 Nghị định 78/2015 của Chính phủ để cứu doanh nghiệp thoát khỏi khó khăn, hoạt động trở lại bình thường, thực hiện dự án đúng tiến độ, làm tròn nghĩa vụ tài chính với Nhà nước, tránh ảnh hưởng đến uy tín lãnh đạo thành phố và gây thiệt hại cho doanh nghiệp.