Theo đó, Khu kinh tế Vân Phong được quy hoạch 19 phân khu chức năng. Trong đó, Bắc Vân Phong có 13 phân khu phát triển du lịch sinh thái - nghỉ dưỡng, sân golf cao cấp, trung tâm thương mại tài chính, trung tâm cảng biển quốc tế, công nghiệp logistic cùng với các đô thị, khu vui chơi giải trí, sân bay dân dụng, du lịch biển đảo, các hoạt động tiện ích đô thị như tài chính, ngân hàng, tổ chức hội thảo, du lịch kết hợp yếu tố đô thị biển, du lịch cộng đồng, công nghiệp…
Nơi đây được quy hoạch thành trung tâm kinh tế năng động, phát triển ngành nghề mới, trình độ cao. Ngành dịch vụ du lịch và vui chơi giải trí ở Vân Phong “sẽ có thương hiệu, chất lượng cao và khả năng cạnh tranh quốc tế”.
Đối với Nam Vân Phong, theo quy hoạch có 6 phân khu chức năng, gồm khu cửa ngõ, dân cư đô thị, các khu công nghiệp, công nghiệp cảng tổng hợp. Đây cũng là nơi tập trung cảng chuyên dùng và kho bãi hậu cần phục vụ các khu công nghiệp.
Khu kinh tế Vân Phong cũng được quy hoạch, đầu tư xây dựng sân bay dân dụng tại xã Vạn Thắng với quy mô 500-550 ha; cạnh đó có hai khu là cảng biển. Bến Nam Vân Phong dự kiến phục vụ trực tiếp Khu kinh tế Vân Phong và tiếp chuyển hàng lỏng/khí. Có bến tổng hợp, bến chuyên dụng tiếp nhận tàu trọng tải từ 100.000 đến 300.000 tấn.
Về giao thông đường bộ, sẽ xây mới với các trục chính hướng biển, đầu tư xây dựng hoàn chỉnh các tuyến cao tốc Bắc – Nam (đoạn Nha Trang – Vân Phong) và tuyến Khánh Hòa – Buôn Mê Thuột. Đồng thời, sửa chữa, cải tạo nâng cấp quốc lộ 26B để kết nối đồng bộ đường cao tốc Khánh Hòa – Buôn Mê Thuột.
Khu kinh tế Vân Phong có diện tích 150.000 ha, trong đó 70.800 ha mặt đất và 74.300 ha mặt nước, khu đường nước biển thấp nhất trung bình nhiều năm, lấn biển 4.900 ha. Vân Phong nằm trên địa bàn huyện Vạn Ninh (Bắc Vân Phong) và thị xã Ninh Hòa là Nam Vân Phong.
Theo đó, đất xây các khu chức năng khoảng 31.000 ha, chiếm hơn 42% diện tích đất tự nhiên, bao gồm đất xây dựng các khu đô thị - khu dân cư khoảng 11.825 ha.
