Sau khi tiếp nhận, phối hợp thông tin với Báo Pháp luật Việt Nam, ngày 25/08/2017, Đoàn Thanh tra của Sở Y tế Bắc Ninh đã thanh tra đột xuất cơ sở này. Qua thanh tra, Đoàn thanh tra đã lập biên bản hàng loạt vấn đề sai phạm hành chính trong lĩnh vực y tế như: tại thời điểm kiểm tra, ông Nguyễn Văn Sự - chủ cơ sở vắng mặt nhưng không có giấy tờ ủy quyền, phòng khám chỉ có 04 người, không đảm bảo chuyên môn theo Biên bản thẩm định (09 người) và đăng ký nhân sự với Sở Y tế, các bác sỹ phụ trách phòng khám chuyên khoa đều vắng mặt.
Một số dịch vụ khám chữa bệnh ở cơ sở này có niêm yết chưa đúng theo danh mục được phê duyệt, kiểm tra sổ thu tiền thấy một số dịch vụ thu tiền cao hơn bảng giá niêm yết. Phòng khám còn sử dụng người hành nghề không đúng với chứng chỉ hành nghề, tự ý cung cấp dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh vượt quá phạm vi chuyên môn được ghi trong giấy phép hoạt động.
Một số trang thiết bị tại Phòng khám không có trong danh mục hồ sơ đăng ký với Sở Y tế như: máy sinh hóa bán tự động, máy nội soi Provix. Các trang thiết bị chưa được kiểm định, hiệu chuẩn.
Ngay sau đó, Sở Y tế Bắc Ninh đã có tờ trình đề nghị UBND tỉnh Bắc Ninh ban hành quyết định xử phạt hành chính đối với ông Nguyễn Văn Sự (người chịu trách nhiệm chuyên môn, kỹ thuật của phòng khám đa khoa Bạch Mai).
Ngày 06/09/2017, UBND tỉnh Bắc Ninh đã ra quyết định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực y tế đối với Phòng khám đa khoa Bạch Mai. Quyết định nêu rõ: Xử phạt 4 triệu đồng đối với hành vi thu giá dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh cao hơn giá niêm yết; Xử phạt 25 triệu đồng do hành vi sử dụng người hành nghề không có chứng chỉ hành nghề hoặc đang trong thời gian bị thu hồi chứng chỉ hành nghề. Xử phạt 60 triệu đồng do hành vi cung cấp dịch vụ khám chữa bệnh vượt quá phạm vi chuyên môn được ghi trong giấy phép hoạt động. Ngoài ra phạt bổ sung tước quyền sử dụng giấy phép hoạt động trong 3 tháng.
“Chủ cơ sở tạm dừng hoạt động, khắc phục, chấm dứt ngay hành vi vi phạm, cho đến khi đảm bảo điều kiện chuyên môn và đầy đủ thủ tục pháp lý cần thiết theo quy định thì hoạt động trở lại.”- Kết luận Thanh tra nêu rõ.