Theo kết luận thanh tra, từ 2010 đến giữa năm 2013, Petrolimex và các đơn vị thành viên đã đầu tư 178 công trình, dự án với tổng mức đầu tư hơn 11.800 tỉ đồng. Trong đó, có 29 dự án chậm tiến độ, 23 gói thầu có trị giá trên 5 tỉ đồng không đấu thầu theo quy định, đồng thời chỉ định nhà thầu không có năng lực thực hiện nhiều công trình.
Theo TTCP, trong giai đoạn 2010 - 6.2013, Tập đoàn xăng dầu VN (Petrolimex) đã đầu tư tài chính ngoài ngành gồm bảo hiểm, ngân hàng, bất động sản 2.225 tỉ đồng, trong đó đầu tư với giá trị lớn không đúng quy định: Tăng vốn đầu tư vào Ngân hàng TMCP xăng dầu Petrolimex (PG Bank) 400 tỉ đồng (chiếm 40% vốn điều lệ của đơn vị nhận góp vốn), đầu tư 171 tỉ đồng vào Công ty bảo hiểm Petrolimex (chiếm 51% vốn điều lệ của đơn vị nhận góp vốn) mà không có sự đồng ý của Bộ Công thương. Petrolimex đã sử dụng 231 tỉ đồng để đầu tư vào bảo hiểm, bất động sản không đúng với nghị quyết của HĐQT, ủy thác cho các đơn vị thành viên vay dài hạn để đầu tư xây dựng với khoản tiền 416 tỉ đồng từ vốn chiếm dụng trong thanh toán, chưa bố trí được nguồn vốn cho đầu tư xây dựng...
Một số khoản đầu tư của Petrolimex đạt hiệu quả rất thấp, có những khoản đầu tư năm 2010 đến thời điểm thanh tra nhưng không có cổ tức, như đầu tư 38 tỉ đồng vào Công ty cổ phần đầu tư và phát triển Vân Phong, hay đầu tư hơn 178 tỉ vào Công ty cổ phần nhiên liệu bay Petrolimex và Công ty cổ phần bất động sản Petrolimex kém hiệu quả.
Hàng loạt đơn vị thành viên của Petrolimex cũng đầu tư tràn lan ra ngoài. Điển hình, Công ty cổ phần vận tải xăng dầu Vipco (Công ty Vipco - đơn vị thành viên) đầu tư hơn 56 tỉ đồng vào Công ty cổ phần An Phú nhưng thua lỗ, có nguy cơ mất vốn. Tổng công ty hóa dầu Petrolimex đầu tư 5 tỉ đồng vào Công ty TNHH đầu tư thương mại PLG bị thua lỗ hàng trăm triệu đồng. Ngoài ra, Công ty xăng dầu khu vực 2 dùng vốn kinh doanh để cho Công ty du lịch thương mại Kiên Giang vay sai quy định 25 tỉ đồng…
Đáng chú ý, việc hợp tác đầu tư của Công ty Vipco đã có sai phạm mang tính chất nghiêm trọng. Cụ thể, năm 2008, ông Nguyễn Đạo Thịnh, Tổng giám đốc Vipco, ký hợp đồng hợp tác đầu tư rồi chuyển khoản tiền 72,5 tỉ đồng vào tài khoản chung do Công ty TNHH TM-DV-SX Thiên Lộc Phú làm chủ tài khoản. Sau đó, Vipco có văn bản cho đối tác rút từ ngân hàng ra khoản tiền hơn 20 tỉ đồng nhưng không có căn cứ, số tiền rút ra không dùng thực hiện hợp đồng hợp tác và Công ty TNHH Thiên Lộc Phú không hoạt động kinh doanh. Đến nay, số tiền này mới thu hồi được 1,5 tỉ đồng. Ngoài ra, Tổng giám đốc và kế toán trưởng Công ty Vipco còn chuyển gần 500 triệu đồng vào tài khoản cá nhân của Nguyễn Thị Mỹ Dung, thuộc Công ty TNHH Thiên Lộc Phú, đến nay không thu hồi được.
Thanh niên đưa tin, hiện cả 2 vụ việc đã được TTCP chuyển sang Cơ quan CSĐT - Bộ Công an để điều tra.
Cũng theo kết luận của TTCP, trong hoạt động kinh doanh xăng dầu, Petrolimex và các đơn vị thành viên chưa thực hiện đúng quy định về việc trích Quỹ bình ổn giá xăng dầu: Xác định sai sản lượng tiêu thụ thực tế dẫn đến trích thiếu quỹ bình ổn giá 4,8 tỉ đồng; năm 2011, Petrolimex chỉ đạo các công ty xăng dầu trích lập Quỹ bình ổn giá nhưng đã có 11 đơn vị trích tổng số tiền hơn 221 tỉ đồng không đúng đối tượng theo quy định.
Petrolimex chỉ đạo, điều hành giá bán xăng dầu nội bộ với các đơn vị thành viên chưa tuân thủ nguyên tắc, phương pháp xác định giá theo quy định và chưa phù hợp với giá bán do Liên bộ Tài chính - Công thương quyết định, thể hiện ý chí chủ quan trong việc định giá, dễ phát sinh tiêu cực. Đáng chú ý, TTCP nêu: “Petrolimex chưa quản lý chặt chẽ xăng dầu tiêu thụ trong các thời điểm điều chỉnh giá, sản lượng xăng xuất bán trước thời điểm tăng giá tại một số đơn vị tăng bất thường từ 2,3 - 7,6 lần so với sản lượng bán bình quân. Đây là dấu hiệu sơ hở trong quản lý, dễ phát sinh tiêu cực, tham nhũng nhưng tập đoàn chưa có biện pháp chấn chỉnh”.
Theo TTCP, để xảy ra những sai phạm nêu trên thuộc trách nhiệm của Tổng giám đốc Petrolimex, giám đốc các đơn vị thành viên. Thủ tướng đã đồng ý với các kiến nghị của TTCP về xử lý trách nhiệm kinh tế cũng như kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm các tập thể, cá nhân có liên quan.
Ông Trần Ngọc Năm, Phó Tổng giám đốc Petrolimex cho biết tập đoàn đã nhận được kết luận thanh tra và khi cơ quan thanh tra đã có kết luận, doanh nghiệp sẽ thực hiện theo như các kiến nghị mà thanh tra chỉ ra.
