Chùa Liên Ngạc tọa lạc tại tổ dân phố Liên Ngạc (phường Đông Ngạc) có bề dày lịch sử hàng trăm năm, trải qua những thăng trầm và nhiều đợt tu bổ, tôn tạo nhưng ngôi chùa vẫn có nhiều giá trị về lịch sử, nghệ thuật và khoa học; là nơi sinh hoạt văn hóa tâm linh của nhân dân phường Đông Ngạc. Chùa đã được Nhà nước xếp hạng di tích lịch sử văn hóa cấp Thành phố năm 2010.
Tuy nhiên, chùa chưa có hạng mục nhà Tổ, để bảo tồn và phát huy giá trị văn hóa truyền thống, đồng thời nâng cao giá trị văn hóa tín ngưỡng cũng như đáp ứng nhu cầu tín ngưỡng, tâm linh của nhân dân, ngày 21/7/2014, UBND quận Bắc Từ Liêm có Quyết định số 2549/QĐ-UBND giao nhiệm vụ lập báo cáo đề xuất chủ trương đầu tư “Dự án tu bổ, tôn tạo nhà Tổ chùa Liên Ngạc” và Quyết định số 4794/QĐ-UBND ngày 31/12/2014 cho phép thực hiện đầu tư dự án.
Theo đó, UBND phường Đông Ngạc làm chủ đầu tư đã lập hồ sơ trình và được các cấp có thẩm quyền chấp thuận, phê duyệt “Dự án tu bổ, tôn tạo nhà Tổ chùa Liên Ngạc” bằng nguồn vốn ngân sách của UBND quận Bắc Từ Liêm.
Tuy nhiên, theo phản ánh của người dân, tháng 11/2017, khi khởi công xây dựng, người dân và nhà chùa nhận thấy vị trí xây dựng công trình nhà Tổ theo hồ sơ đã được phê duyệt không phù hợp với hiện trạng diện tích thửa đất, cảnh quan và các công trình khác, gây ảnh hưởng không chỉ về kiến trúc, phong thủy mà còn ảnh hưởng đến đời sống tín ngưỡng, tâm linh của người dân. Do đó, người dân đã có ý kiến đến các cơ quan có thẩm quyền và UBND phường Đông Ngạc đề nghị điều chỉnh vị trí xây dựng công trình nhà Tổ sang vị trí mới, song song với nhà Mẫu để đảm bảo phong thủy, tâm linh và không phá vỡ cảnh quan trong tổng thể kiến trúc.
Ngày 12/12/2017, UBND phường Đông Ngạc đã tổ chức buổi làm việc, gồm: Đại diện Phòng Văn hóa quận Bắc Từ Liêm, Đảng ủy - HĐND- UBND, Mặt trận tổ quốc phường Đông Ngạc; đại diện tổ dân phố, các hội đoàn thể, nhân dân tổ dân phố Liên Ngạc và Trụ trì chùa Liên Ngạc…Theo đó, bà Phan Thanh Huyền, Trưởng phòng Văn hóa quận Bắc Từ Liêm nêu quan điểm sẽ đề xuất lên TP Hà Nội về việc thay đổi vị trí xây dựng...
Thực hiện chỉ đạo của UBND quận Bắc Từ Liêm, ngày 20/4/2018, UBND phường Đông Ngạc tiếp tục tổ chức buổi “Họp bàn thống nhất về việc dịch chuyển vị trí xây dựng dự án tu bổ, tôn tạo nhà Tổ chùa Liên Ngạc”, gồm: đại điện Đảng ủy, HĐND-UBND phường Đông Ngạc, trụ trì chùa Liên Ngạc, đại diện nhân dân tổ dân phố Liên Ngạc…Theo đó, đã đồng ý việc điều chỉnh vị trí xây dựng nhà Tổ sang vị trí mới song song với nhà Mẫu.
Trao đổi với PV, ông Nguyễn Quang Thậm, Chủ tịch UBND phường Đông Ngạc, cho biết: Việc lập hồ sơ dự án tu bổ, tôn tạo nhà Tổ chùa Liên Ngạc, UBND phường đã thực hiện đúng theo quy định. Tuy nhiên, khi tiến hành khởi công xây dựng công trình nhà Tổ thì người dân và trụ trì chùa đã kiến nghị điều chỉnh lại vị trí xây dựng nhà Tổ đã được phê duyệt sang vị trí mới, song song với nhà Mẫu. Nhưng việc điều chỉnh như vậy sẽ mâu thuẫn với ý kiến thỏa thuận của Sở VHTT Hà Nội tại Văn bản số 3762/SVH&TT-QLDL ngày 27/10/2016 “Về việc thỏa thuận báo cáo Kinh tế - Kỹ thuật xây dựng nhà Tổ di tích chùa Liên Ngạc”. Để đáp ứng nguyện vọng của nhân dân và trụ trì chùa Liên Ngạc, UBND phường đã tổ chức họp ghi nhận kiến nghị của nhân dân.
“Các cuộc họp có sự thống nhất của đại diện nhân dân, tổ dân phố và trụ trì chùa Liên Ngạc. Hiện nay chúng tôi đang tiến hành chỉnh sửa hồ sơ, điều chỉnh lại vị trí xây dựng nhà Tổ chùa Liên Ngạc sang vị trí mới gửi UBND quận Bắc Từ Liêm xem xét, trình các cấp có thẩm quyền”, ông Thậm nói.