Theo cáo trạng, quá trình tuyển sinh, đào tạo, thấy nhiều người có nhu cầu lấy bằng nhanh để hoàn thiện đầu vào, đầu ra nghiên cứu sinh, học thạc sỹ, thi công chức, thi nâng ngạch; vì vụ lợi nên cuối năm 2017 đầu 2018, Trần Khắc Hùng (Chủ tịch HĐQT Đại học Đông Đô) đã tổ chức cuộc họp Ban Giám hiệu, Phòng Đào tạo, Viện Đào tạo liên tục (Viện ĐTLT), Viện 4.0… để quán triệt chủ trương làm và cấp VB 2 chính quy tiếng Anh cho những người có nhu cầu lấy bằng không qua tuyển sinh, đào tạo theo quy định.
Cụ thể, Trần Khắc Hùng đã chỉ đạo Ban Giám hiệu và nhân viên của ĐH Đông Đô là Dương Văn Hòa, Trần Kim Oanh (Phó Hiệu trưởng kiêm Phó Viện trưởng Viện ĐTLT), Lê Ngọc Hà (Phó Hiệu trưởng kiêm Phó Viện trưởng Viện 4.0)… lợi dụng chức trách, nhiệm vụ được giao để tiếp nhận hồ sơ, làm giả các thủ tục, hợp thức các loại giấy tờ, bài thi, bảng điểm để cấp VB 2 cử nhân tiếng Anh hệ chính quy không đúng quy định nhằm thu lợi bất chính.
Để làm và cấp bằng giả cho các cá nhân không qua tuyển sinh, đào tạo, Trần Khắc Hùng giao cho Trần Kim Oanh và Lê Ngọc Hà tổ chức thực hiện. Theo cáo trạng, tại Viện ĐTLT, Trần Kim Oanh chỉ đạo cấp dưới tiếp nhận hồ sơ học viên, không tổ chức thi đầu vào, không qua đào tạo theo tín chỉ mà chỉ hướng dẫn học viên hợp thức bài thi bằng hình thức phát đề và đáp án cho học viên chép lại. Cá biệt có trường hợp không phải hợp thức bài thi… Tương tự tại Viện 4.0 cũng như vậy.
Khi các học viên hoàn thiện các bài thi, các cán bộ, nhân viên của ĐH Đông Đô dọc phách, chuyển cho các giáo viên của Trường chấm bài, tổng hợp kết quả, lập bảng điểm khóa học cho từng học viên; lập danh sách đề nghị in bằng.
Để có phôi in bằng, tháng 10/2018, Trần Kim Oanh chỉ đạo Trần Ngọc Quang (Phó phòng Đào tạo và quản lý sinh viên) hợp thức hóa bằng cách làm các văn bản: Quyết định công nhận danh sách thí sinh trúng tuyển đại học hệ VB 2 tiếng Anh và các công văn để Dương Văn Hòa ký, gửi Bộ GDĐT đề nghị mua phôi để in bằng cử nhân tiếng Anh hệ VB 2 chính quy. Sau đó khi in bằng xong, Dương Văn Hòa ký phát hành.
CQĐT xác định từ tháng 4/2018 đến tháng 3/2019, ĐH Đông Đô đã cấp 429 văn bằng và 2 giấy chứng nhận giả, thu tổng số tiền hơn 7,1 tỷ đồng. Trong số này, cơ quan tố tụng đã triệu tập 210 người được cấp văn bằng, giấy chứng nhận giả, thu số tiền trên 2,7 tỷ. Còn 221 người đã làm rõ danh tính nhưng không tìm ra nơi cư trú, đơn vị công tác.
Đối với Trần Khắc Hùng, VKS cho rằng bị can này giữ vai trò chủ mưu, khởi xướng, tổ chức và chỉ đạo những người khác thực hiện hành vi như cáo trạng. Tuy nhiên, bị can này hiện đang bỏ trốn và đang bị truy nã nên CQĐT tạm đình chỉ, khi bắt được sẽ xử lý.