Ngày nay, chùa thuộc thôn Vệ Hồ, phường Xuân La, quận Tây Hồ, trên đường Lạc Long Quân. Đây là nơi nhiều du khách tìm đến cầu an vào mùng 1 và ngày rằm âm lịch.
Chùa thờ Phật và thờ Mẫu, gồm 5 gian, 3 gian bảo điện. Qua hơn 1.000 năm, ngôi chùa đã được trùng tu và tôn tạo nhiều lần. Các kiến trúc tam quan, tiền đường, nhà Tổ, nhà khách, lầu Quan Âm... dùng vật liệu truyền thống là gỗ. Các mảng hoa văn truyền thống trên cột, kèo... được chạm trổ tỉ mỉ, sử dụng đề tài trang trí quen thuộc của người Việt như Tứ Linh và Tứ Quý.
Bên trong chùa còn lưu giữ 46 pho tượng tròn, gồm có 26 pho tượng Phật, 20 pho tượng Mẫu, tượng Tổ. Một số pho tượng có niên đại ra đời từ thời Lê Trung Hưng (thế kỷ 17, 18) và một số có niên đại từ thời Nguyễn.
Ngoài giá trị về kiến trúc Phật giáo, chùa còn lưu giữ các bộ sưu tập có giá trị văn hóa, lịch sử như đạo sắc phong thần thời Lê và Tây Sơn, chuông đồng có từ thời Nguyễn... Quả chuông đồng "Vạn Niên Tự Chung" được đúc dưới thời Vua Gia Long (1802 - 1820) có bài ký miêu tả chùa Vạn Niên là một danh lam cổ tự bề thế ở phía Tây kinh thành Thăng Long.
Chùa Vạn Niên đã được Bộ Văn hóa - Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) xếp hạng Di tích kiến trúc nghệ thuật cấp quốc gia năm 1996.
