Trong bản giải trình, ông Chung cho rằng cấp sơ thẩm đã ra quyết định tuyên án oan đối với ông. Theo đó, ông Chung đưa ra nhiều căn cứ cho rằng, Công ty Thoát nước Hà Nội đã thực hiện việc mua chế phẩm Redoxy-3C để làm sạch sông hồ trên địa bàn Thủ đô đúng quy định pháp luật, không gây thiệt hại ngân sách.
Theo ông Chung, Công ty Thoát nước không thể tự đàm phán mua chế phẩm từ công ty của Đức, mà phải làm thủ tục lựa chọn nhà thầu trong nước bán Redoxy-3C cho UBND thành phố để xử lý nước hồ ô nhiễm. Ông Chung cho rằng, không có văn bản, tài liệu nào thể hiện việc ông chỉ đạo cấp dưới phải mua chế phẩm thông qua công ty gia đình.
Và theo cựu Chủ tịch UBND TP Hà Nội, việc các cơ quan tiến hành tố tụng trong vụ án dùng lời khai, dùng lời nói chỉ đạo không bằng văn bản để kết tội cho ông hoàn toàn trái với các quy định của “Luật tổ chức chính quyền địa phương”, “Luật công chức, viên chức” và quy chế làm việc của UBND.
“Nguyên tắc bất di bất dịch là chỉ sau khi có ý kiến chỉ đạo trực tiếp, phải có văn bản chỉ đạo hoặc thông báo ý kiến chỉ đạo của tôi thì Công ty Thoát nước và các đơn vị, cá nhân có nhiệm vụ liên quan đến việc mua Redoxy-3C mới có căn cứ để thực hiện. Có nói thế nào thì nói nhưng chưa có văn bản chỉ đạo của chủ tịch UBND TP thì các cá nhân, đơn vị được giao không có căn cứ để thực hiện”, ông Chung viết trong bản giải trình.
Trong bản giải trình đơn kháng cáo dài hơn 100 trang, ông Chung cho rằng quá trình mua chế phẩm trên không gây thất thoát tài sản Nhà nước.
Theo ông Chung, 4 quyết định đặt hàng của Công ty Thoát nước về việc cung ứng dịch vụ xử lý ô nhiễm nước hồ, duy trì chất lượng nước cho UBND thành phố Hà Nội được ký có tổng số tiền hơn 308 tỉ, với 9 huyện là hơn 3 tỉ. Trong khi đó, tổng số tiền mua Redoxy-3C là hơn 167 tỉ. “Lấy số tiền dự toán trừ đi số tiền đã mua chế phẩm thì Công ty Thoát nước còn lại khoản lợi nhuận hơn 144 tỉ đồng”, ông Chung nêu.
Ông Chung khẳng định toàn bộ số tiền lợi nhuận này vào Công ty Thoát nước vẫn là công ty 100% vốn sở hữu của thành phố nên không có chuyện thất thoát tài sản.
Ngoài ra, ông Chung còn phủ nhận các cáo buộc từ cơ quan tố tụng cho rằng, Arktic là “công ty gia đình” của ông.
Theo bản án sơ thẩm, tháng 8/2016, ông Nguyễn Đức Chung đã kết luận và ra văn bản 308 chỉ đạo mua chế phẩm Redoxy 3C trực tiếp từ hãng Watch Water GmbH. Cáo trạng nêu ông Chung là người quyết định việc mua bán chế phẩm Redoxy - 3C trái pháp luật và phân công chỉ đạo cấp dưới thực hiện trái quy định về quản lý, sử dụng vốn nhà nước, để Công ty Arktic (Công ty gia đình) được hưởng khoản lợi nhuận không chính đáng, khiến ngân sách Nhà nước bị thiệt hại hơn 36 tỷ đồng.
Ngoài ra, ông Chung còn chỉ đạo ông Võ Tiến Hùng (cựu Tổng Giám đốc Công ty TNHH MTV Thoát nước Hà Nội) mua chế phẩm Redoxy- 3C của Công ty Arktic trái với chỉ đạo của chính bị cáo tại Thông báo số 308 ngày 22/8/2016. Quá trình điều tra, cựu Chủ tịch UBND TP Hà Nội không thừa nhận hành vi phạm tội.
Với hành vi nêu trên, ông Chung bị cấp sơ thẩm tuyên 8 năm tù về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. Bị cáo Nguyễn Trường Giang bị tuyên 4 năm 6 tháng tù, Võ Tiến Hùng 4 năm tù cùng về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Sau phiên tòa sơ thẩm, ông Chung kháng cáo kêu oan. Bởi ông Chung cho rằng bản án sơ thẩm tuyên ông phạm tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” là không đúng.
Bị cáo Nguyễn Trường Giang và Võ Tiến Hùng cũng kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt. Tuy nhiên sau đó, ông Hùng rút đơn kháng cáo.