Theo phản ánh của nhiều doanh nghiệp, công tác thanh kiểm tra, giám sát và thực hiện cơ chế công khai, minh bạch trong thu, quản lý, sử dụng nguồn thu từ phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản chưa được tiến hành thường xuyên hàng năm.
Ở nước ta, phí bảo vệ môi trường trong khai thác khoáng sản được thực hiện từ năm 2006 theo Nghị định số 137/2005/NĐ-CP, sau đó có bổ sung, sửa đổi theo Nghị định 63/2008/NĐCP và đến năm 2011 được thay thế bằng Nghị định 74/2011/NĐ - CP có hiệu lực từ 1/1/2012.
Tuy nhiên, theo phản ánh của nhiều doanh nghiệp, mức thu phí đối với một số khoáng sản còn chưa tương xứng với mức độ gây ô nhiễm môi trường do hoạt động khai thác khoáng sản gây ra. Đồng thời, mức thu này cũng chưa có sự phân biệt theo công nghệ khai thác, do đó chưa khuyến khích áp dụng công nghệ mới trong khai thác khoáng sản. Bên cạnh đó, đặc thù của từng loại khoáng sản khai thác, sự phân biệt theo hàm lượng khoáng sản… cũng không được tính đến nên không khuyến khích các mỏ tận thu khai thác.
Điểm nhấn của Nghị định 12/2016/NĐ-CP là đã quy định cụ thể mức phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản tận thu bằng 60% mức phí đối với loại khoáng sản tương ứng quy định tại Biểu khung phí ban hành kèm theo Nghị định. Với quy định trên, HĐND cấp tỉnh quyết định cụ thể mức thu phí bảo vệ môi trường đối với từng loại khoáng sản áp dụng tại địa phương cho phù hợp với tình hình thực tế trong từng thời kỳ. Chậm nhất đến ngày 31/7/2016, HĐND cấp tỉnh ban hành nghị quyết về phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản áp dụng tại địa phương.
Theo đó, phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản, không kể dầu thô và khí thiên nhiên, khí than là khoản thu ngân sách địa phương hưởng 100% để hỗ trợ cho công tác bảo vệ và đầu tư cho môi trường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản theo Luật Bảo vệ môi trường và Luật Ngân sách nhà nước. Khoản kinh phí này được sử dụng để phòng ngừa và hạn chế các tác động xấu đối với môi trường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản; khắc phục suy thoái, ô nhiễm môi trường do hoạt động khai thác khoáng sản gây ra; giữ gìn vệ sinh, bảo vệ và tái tạo cảnh quan môi trường tại địa phương nơi có hoạt động khai thác khoáng sản.
Nghị định yêu cầu, UBND cấp tỉnh trình HĐND cùng cấp bố trí sử dụng nguồn phí bảo vệ môi trường thu được cho công tác bảo vệ môi trường tại nơi có hoạt động khai thác khoáng sản. Hằng năm, cơ quan thu phí bảo vệ môi trường có trách nhiệm công khai số phí bảo vệ môi trường do các doanh nghiệp đã nộp.
Khảo sát của Trung tâm Con người và Thiên nhiên (Pan Nature) trong quá trình thực hiện Nghị định 74/2011/NĐ cho thấy, trong 30 xã tại khu vực miền núi phía Bắc có 6 xã hàng năm nhận được khoản phân bổ nguồn từ khai thác khoáng sản nhưng không rõ có phải phí bảo vệ môi trường hay không; 12 xã không nhận được phân bổ nguồn thu từ khai thác khoáng sản. Còn lại 12 xã không biết có nhận được hay không do hàng năm chỉ nhận được 1 khoản phân bổ ngân sách chung và không rõ nguồn gốc.
Bên cạnh đó tại một số xã nguồn thu này chỉ được sử dụng để chi trả lương cán bộ và các hoạt động khác của UBND xã chứ không được phục để cải tạo môi trường.
Ngoài ra, một số xã cho biết, không được phân bố phí bảo vệ môi trường. Ví như xã vùng cao Tân Pheo (Đà Bắc, Hòa Bình). Nơi đây có 3 mỏ sắt hoạt động khai thác đã làm 40 hộ dân mất đất vào năm 2006. Mức giá đền bù để di chuyển người dân ra khỏi khu khai thác chỉ khoảng 1000 - 2000/m2, dẫn đến việc chuyển đổi sinh kế của người dân khó khăn. Năm 2006, xã được phân bổ 100 triệu từ nguồn phí bảo vệ môi trường, tuy nhiên từ năm sau xã lại không hề được phân bổ.
