Theo cáo trạng, đầu tháng 3/2012, Công an TP Tuy Hòa lập chuyên án điều tra về vụ trộm cắp trên địa bàn do ông Lê Đức Hoàn, Phó Công an TP Tuy Hòa làm Trưởng ban. Chiều ngày 12/5/2012, ông Hoàn chỉ đạo Nguyễn Trần Nguyên Phúc (thuộc cấp) phối hợp với Công an huyện Tây Hòa mời Ngô Thanh Kiều về Công an TP Tuy Hòa làm việc. Thế nhưng, lúc 3h15 phút sáng ngày 13/5/2012, tổ công tác gồm 7 người ở Công an TP Tuy Hòa, Công an huyện Tây Hòa và Công an xã Hòa Đồng đã đến nhà còng tay Kiều đưa về Công an TP Tuy Hòa.
Sau đó, ông Lê Đức Hoàn chỉ đạo đưa Kiều vào phòng làm việc và phân công xét hỏi. Lúc này, Mẫn mới còng tay Kiều vào thành ghế. Đến 9h30 cùng ngày, Kiều vẫn không khai nhận nên Mẫn cầm dùi cui dài 50cm đánh 4-5 cái vào đùi, bắp chân trái, chân phải của Kiều. Tiếp đến, Quyền lại dùng dùi cui do Mẫn vừa đánh xong để trên bàn tiếp tục đánh 4-5 cái vào cẳng chân và đùi phải của Kiều. Thấy Kiều vẫn không chịu nhận tội, Huy tiếp tục cầm dùi cui để sẵn trên bàn đánh 2-3 cái vào bắp đùi phải của Kiều rồi ra ngoài.
Đến 11h10 phút, tới lượt Quang vào phòng còng 2 tay Kiều ra phía sau ghế rồi tiếp tục xét hỏi, nhưng Kiều cũng không khai nhận nên lại cầm dùi cui đánh 3-4 cái vào 2 bắp đùi, bắp chân Kiều. Đến 12h15, Thành vào canh giữ. Thành ngồi lên bàn đối diện với Kiều xét hỏi nhưng Kiều không trả lời nên bị người cán bộ này lại cầm dùi cui bổ 2-3 cái vào đầu.
Khoảng 14h cùng ngày, khi dẫn giải Kiều đến Công an Phú Yên để làm việc thì phát hiện Kiều có biểu hiện mệt mỏi nên đưa đến bệnh xá Công an Phú Yên khám. Đến 17h40, bệnh xá này chuyển Kiều đến Bệnh viện Đa khoa Phú Yên, Kiều tử vong trên đường đi. Kết quả giám định pháp y của Trung tâm pháp y Phú Yên kết luận Kiều tử vong do chấn thương sọ não, chấn thương phần mềm trên cơ địa có viêm phổi.
Trong phiên tòa ngày 23/8, giám định viên của Phân viện pháp y quốc gia tại TP HCM vắng mặt vì giám định viên này đã bị đột quỵ, hiện đang sống đời sống thực vật. Tòa cũng xem xét đề nghị hoãn phiên tòa của bị cáo kháng cáo kêu oan là Nguyễn Thân Thảo Thành do vừa được di lý từ Phú Yên ra Đà Nẵng ngày 22/8 nên sức khỏe không đảm bảo. Luật sư Nguyễn Văn Thắng là luật sư duy nhất bào chữa cho Nguyễn Thân Thảo Thành cũng đề nghị hoãn phiên toàn với nhiều lý do.
Qua xem xét, HĐXX xét thấy đây là vụ án phức tạp, bị cáo Thành kêu oan nên cần thiết tạo điều kiện cho bị cáo có đủ điều kiện để bảo vệ mình. Hội đồng xét xử quyết định hoãn phiên tòa và sẽ xét xử lại vào ngày 7/9.
Trước đó, tại phiên tòa sơ thẩm diễn ra từ ngày 7 đến 15/4/2015, TAND tỉnh Phú Yên đã phạt Lê Đức Hoàn (Thượng tá, nguyên Phó Trưởng Công an TP Tuy Hòa) 9 tháng tù treo về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.
Tòa cũng tuyên phạt 5 bị cáo cựu sĩ quan công an cùng tội dùng nhục hình, gồm Nguyễn Thân Thảo Thành (nguyên Thiếu úy, trinh sát Công an TP Tuy Hòa) 8 năm tù, Nguyễn Minh Quyền (nguyên Thiếu tá, Đội phó Đội Trinh sát, Phòng CSĐT tội phạm về trật tự xã hội, Công an tỉnh Phú Yên) 2 năm 6 tháng tù, Phạm Ngọc Mẫn (nguyên Thượng úy) 2 năm 3 tháng tù, Nguyễn Tấn Quang (nguyên Thiếu tá) 2 năm tù, Đỗ Như Huy (nguyên Trung úy) 1 năm tù treo.
