Theo đó, Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới tỉnh Hải Dương là đơn vị sự nghiệp công lập tự bảo đảm một phần chi thường xuyên, trực thuộc Sở Y tế; có chức năng tham mưu, giúp Sở Y tế về các hoạt động phòng, chống HIV/AIDS trên địa bàn tỉnh; tiếp nhận, tư vấn, khám bệnh, chữa bệnh nội, ngoại trú cho bệnh nhân truyền nhiễm, bệnh nhiệt đới, HIV/AIDS, bệnh nhân nghiện các chất dạng thuốc phiện bằng thuốc thay thế trên địa bàn tỉnh; hướng dẫn, đào tạo chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về chuyên khoa bệnh truyền nhiễm, nhiệt đới và HIV/AIDS cho các cơ sở khám, chữa bệnh tuyến dưới; tổ chức thực hiện các hoạt động phòng, chống HIV/AIDS tại cộng đồng trên địa bàn tỉnh theo quy định.
Đây là bệnh viện chuyên khoa hạng II (tuyến tỉnh) với quy mô 80 giường bệnh vào năm 2018 và tăng theo lộ trình đến năm 2021 có 200 giường bệnh. Ngoài Giám đốc và các Phó Giám đốc (không quá 02 người), bệnh viện gồm 2 phòng chức năng: phòng Hành chính tổng hợp, phòng Kế hoạch – chỉ đạo tuyến. Và có 6 khoa chuyên môn gồm: khoa Khám bệnh, khoa Cấp cứu – Hồi sức tích cực và chống độc, khoa Nội tổng hợp, khoa Điều trị HIV/AIDS, khoa Xét nghiệm – Chẩn đoán hình ảnh.
Trước mắt bệnh viện sẽ giữ nguyên số người làm việc hiện tại của Trung tâm Phòng chống HIV/AIDS của tỉnh là 55 người. Sau đó, bệnh viện sẽ có trách nhiệm xây dựng Đề án vị trí việc làm gắn với chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động và nằm trong tổng biên chế, số lượng người làm việc của Sở Y tế được cơ quan có thẩm quyền giao.