Về tiến độ thi công, đến ngày 15/7 các gói thầu đã đạt khoảng trên 80% khối lượng, tuy nhiên tiến độ nghiệm thu và giải ngân nguồn vốn đạt thấp, chưa đảm bảo theo kế hoạch đề ra.
Theo tiến độ cam kết Hiệp định vay giữa Chính phủ Việt Nam với Nhật Bản, dự án được thực hiện trong vòng 10 năm, từ 2008 - 2018. Tính đến thời điểm hiện tại chỉ còn gần 2 tuần nữa, là kết thúc 10 năm hiệp định của dự án vay. Theo cam kết đến tháng 28/7/2018 là hoàn thành nhưng hiện phải xin gia hạn thêm 1 năm để đúng tiến độ.
Hiện nay, khối lượng còn lại ở các gói thầu không lớn, nhưng các hạng mục thi công khó, do độ sâu chôn ống lớn, giao cắt với cầu đường bộ, băng qua sông…Trong thời gian tới, Ban quản lí dự án sẽ tăng cường giám sát để yêu cầu nhà thầu điều chỉnh chi tiết tiến độ thi công và có cam kết hoàn thành; phối hợp với các phường để nâng cao tỷ lệ đấu nối nước thải vào hệ thống thoát nước chung nhằm nâng cao hiệu quả thu gom và xử lý nước thải.
Khó khăn lớn nhất là hầu hết các nhà thầu chính bị phân tán nguồn lực tài chính; không còn nguồn tài chính dồi dào như cam kết với chủ đầu tư ban đầu, kéo theo vấn đề chậm thi công kéo dài, tình hình nợ đọng... Việc gia hạn thêm 2 năm cũng là cơ hội và thách thức để các đơn vị kiểm điểm lại, rút kinh nghiệm và đưa ra một phương án thực hiện dự án cụ thể và hiệu quả hơn.
Chủ tịch UBND tỉnh Phan Ngọc Thọ yêu cầu Ban quản lý dự án, các sở, ngành liên quan và UBND thành phố thực hiện nghiêm túc các kiến nghị của đoàn giám sát HĐND tỉnh, khẩn trương hoàn thành các thủ tục gia hạn nguồn vốn vay theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, đồng thời điều chỉnh tiến độ một số dự án thành phần nhằm đảm bảo tiến độ, chất lượng để không vượt thời gian gia hạn và cần phải đặc biệt quan tâm vấn đề hoàn trả mặt bằng.