Theo đó, Trụ sở các Khu cách ly y tế tập trung đặt tại Khách sạn Palago (số 287 - 289 đường Phạm Ngũ Lão, phường Phạm Ngũ Lão, quận 1); Khách sạn Liberty Central Sài Gòn (số 17 đường Tôn Đức Thắng, phường Bến Nghé, quận 1); Khách sạn The Myst (số 4 - 6 - 8 đường Hồ Huấn Nghiệp, phường Bến Nghé, quận 1); Khách sạn Hương Sen (số 66 - 68 - 70 đường Đồng Khởi, phường Bến Nghé, quận 1); Khách sạn Bông Sen 2 (số 61 - 63 đường Hai Bà Trưng, phường Bến Nghé, quận 1); Khách sạn Bay (số 7 đường Ngô Văn Năm, phường Bến Nghé, quận 1); Khách sạn Queen Central (số 38 - 40 đường Nguyễn An Ninh, phường Bến Thành, quận 1); Khách sạn Đại Nam (số 79 đường Trần Hưng Đạo, phường Cầu Ông Lãnh, quận 1);
Khách sạn Central Park (số 223 đường Hai Bà Trưng, phường Võ Thị Sáu, quận 3); Khách sạn Đồng Khánh (số 2 đường Trần Hưng Đạo B, phường 7, quận 5); Khách sạn Sunshine Garden (số 446 - 448 đường Tân Phú, phường Tân Phú, quận 7).
Khu cách ly y tế tập trung chịu sự chỉ đạo, quản lý, điều hành trực tiếp của Ban Chỉ đạo TP HCM về phòng, chống dịch Covid-19, đồng thời chịu sự chỉ đạo về chuyên môn, nghiệp vụ của Sở Y tế và UBND các quận - huyện và UBND TP Thủ Đức có Khu cách ly y tế tập trung đóng trên địa bàn.