Tuy nhiên, bà Hoàng Thị Lài (vợ bị án Khải) cho biết, chồng bà vẫn có đơn kêu oan cho rằng bản thân không phải là người quản lý tài sản nên không thể bị kết tội “Tham ô tài sản”. Nếu có việc lập khống hồ sơ chiếm đoạt tiền chế độ của học sinh thì có nhiều người thực hiện, tại sao chỉ một mình ông Khải bị bắt giam và xử tù.
Theo hồ sơ vụ án, học sinh bán trú Trường Tiểu học và THCS Cao Bá Quát là người đồng bào Ba-na nên thuộc đối tượng được thụ hưởng chế độ hỗ trợ tiền ăn và tiền nhà ở theo Quyết định số 85 (21/12/2010) của Thủ tướng. Trong 2 năm học 2013-2014 và 2014-2015, Trần Quốc Khải (nguyên Hiệu trưởng nhà trường) đã nhiều lần lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao để chỉ đạo các giáo viên Trần Thị Hậu Giang, Lê Thị Cẩm Tú, Võ Anh Tuấn... lập danh sách khống, đề nghị cấp có thẩm quyền thẩm định, phê duyệt và chi tiền hỗ trợ học sinh. Số tiền này được mang về trường nhưng cấp phát không đầy đủ cho các em học sinh người đồng bào dân tộc thiểu số. Sau đó, Khải nhiều lần thực hiện hành vi chiếm đoạt tổng số hơn 172 triệu đồng đã bớt xén của học sinh để sử dụng vào mục đích cá nhân.
Khi một số em học sinh lớp 9 năm học 2013-2014 đến trường đòi chi trả số tiền chế độ còn thiếu thì sự việc mới bắt đầu vỡ lở. Trong quá trình thanh tra, ngày 3/11/2015, Khải nhờ các giáo viên Bùi Bá Toàn, Phan Thị Mai Hoa trả 14 triệu đồng cho 14 học sinh lớp 9 đã tốt nghiệp năm học 2013-2014; ngày 11/01/2016, Khải đưa hơn 57 triệu đồng và nhờ các giáo viên Bùi Bá Toàn, Võ Anh Tuấn, Siu H’Nhú... đến nhà của 20 em học sinh để hoàn trả cho mỗi em hơn 2,8 triệu đồng.
Do nghi ngờ có sự bất minh nên 8 em học sinh đã lên UBND xã Đắk Sông kể lại toàn bộ sự việc và nộp lại tổng cộng 23 triệu đồng đã nhận. Công an huyện Kông Chro nhận được gần 80 triệu đồng do Khải tự nguyện đến giao nộp vào ngày 13/01/2016 và 21 triệu đồng do ông Trần Hữu Định (ba Khải) đến giao nộp vào ngày 03/3/2016.
Tại Bản án hình sự sơ thẩm số 05 ngày 23/02/2017, TAND huyện Kông Chro đã xử phạt Trần Quốc Khải 9 năm tù về tội “Tham ô tài sản”; cấm Khải đảm nhiệm các chức vụ liên quan đến nghề nghiệp trong thời hạn 3 năm kể từ ngày chấp hành xong hình phạt tù; buộc Khải phải trả lại cho nguyên đơn dân sự là Trường Tiểu học và THCS Cao Bá Quát hơn 110 triệu đồng; sung vào công quỹ gần 14 triệu đồng mà Khải thu lời bất chính...
Không đồng tình với bản án nêu trên, Trần Quốc Khải làm đơn kháng cáo kêu oan. Tại phiên tòa phúc thẩm ngày 07/8/2017, Khải đề nghị HĐXX TAND tỉnh Gia Lai minh oan cho bị cáo vì cho rằng mình không phải là người quản lý tiền và không chiếm đoạt tiền. Thế nhưng, Khải lại thừa nhận: Từ khi làm Hiệu phó đến khi lên Hiệu trưởng, Khải là người ký danh sách đề nghị cấp có thẩm quyền hỗ trợ tiền, giới thiệu nhiều người đi nhận tiền, rồi mang về trường cấp phát thiếu cho học sinh. Lý do Khải nhờ người trả lại tiền thiếu cho học sinh, tác động gia đình và bản thân đi giao nộp tổng cộng hơn 158 triệu đồng cho CQĐT là để được miễn trách nhiệm hình sự.
Nhận định thấy chứng cứ có trong hồ sơ đã rõ ràng, lời khai của những người có liên quan tại phiên tòa phù hợp với diễn biến vụ án nhưng Trần Quốc Khải vẫn quanh co chối tội, không nhận thức được những hành vi phạm pháp và không biết ăn năn hối cải, TAND tỉnh Gia Lai đã không chấp nhận kháng cáo kêu oan của Khải, giữ nguyên mức án tại Bản án sơ thẩm. Tuy nhiên, sau phiên tòa phúc thẩm, Khải vẫn có đơn kêu oan gửi đến nhiều cơ quan.
