Theo đề xuất của Bộ, kỳ thi sẽ diễn ra trong 3 ngày, thay vì 4 ngày như năm trước. Mỗi môn Toán, Văn, Ngoại ngữ và Vật lý được tổ chức thi một buổi. Các môn còn lại sẽ được thi theo cặp trong một buổi và bắt đầu cùng giờ, gồm Sinh - Lịch sử và Hóa học - Địa lý. Thí sinh được chọn một môn trong các cặp để thi. Áp dụng lịch này sẽ ảnh hưởng đến một số thí sinh có nguyện vọng thi cả 2 môn.
Bộ cũng xin ý kiến về việc có nên tổ chức cụm thi liên tỉnh hay mỗi tỉnh thành có cụm riêng; có nên duy trì điểm thi ở huyện để xét tốt nghiệp THPT hay không, nếu cần thì duy trì ở những địa phương nào. Ngoài ra, trách nhiệm tổ chức kỳ thi và chủ trì cụm thi thuộc Bộ hay Sở?
Bộ cho biết năm 2016, các trường đại học, đặc biệt là những trường tốp trên chưa sẵn sàng tự chủ tuyển sinh. Đa số mong muốn Bộ tổ chức kỳ thi THPT quốc gia để lấy kết quả xét tuyển. Từ thực tế đó Bộ yêu cầu các trường cần cân nhắc, thảo luận kỹ một số vấn đề kỹ thuật để tìm giải pháp tối ưu.
Nhiều vấn đề khác như có nên duy trì ngưỡng đảm bảo chất lượng đầu vào (điểm sàn) hay bãi bỏ; chế độ điểm ưu tiên theo khu vực; có cần quy định các đợt xét tuyển... cũng được Bộ đưa ra để lấy ý kiến.
Theo báo cáo của Bộ, năm 2015 có 198 trường đại học, cao đẳng tuyển sinh riêng dựa vào kết quả THPT, duy nhất Đại học Quốc gia Hà Nội tổ chức thi riêng. Phương thức xét tuyển này được nhiều trường lựa chọn nhưng không có trường ở tốp trên.
Thống kê công tác tuyển sinh nhiều năm qua, đặc biệt là năm 2015 cho thấy, khoảng 40 trường đại học có tính cạnh tranh rất cao (điểm trúng tuyển trung bình từ 22,5 trở lên, có 60.000 thí sinh đỗ). Khoảng 60 trường trong cả nước điểm trung bình trúng tuyển từ 21 điểm trở lên với số lượng đỗ thực tế khoảng 100.000 em. Có nhiều trường không tuyển đủ chỉ tiêu, kể cả trường có đề án tuyển sinh riêng bằng xét tuyển điểm học bạ THPT.
Năm 2015, lần đầu tiên Bộ Giáo dục tổ chức kỳ thi THPT quốc gia với hai mục tiêu xét tốt nghiệp và xét tuyển đại học, cao đẳng. Kỳ thi diễn ra từ ngày 1 đến 4/7 được đánh giá là suôn sẻ, nhưng đến giai đoạn xét tuyển vào đại học, cao đẳng lại có nhiều bất cập. Bộ trưởng Giáo dục Phạm Vũ Luận sau đó đã phải lên tiếng nhận trách nhiệm./.