Báo cáo Quốc hội, Chính phủ cho biết: Theo Nghị quyết số 55/2010/QH12 thì hầu hết các đối tượng sử dụng đất nông nghiệp đều được miễn hoặc giảm 50% số thuế phải nộp. Do đó, chỉ còn một số ít đối tượng phải nộp thuế sử dụng đất nông nghiệp
Để khuyến khích tổ chức, hộ gia đình, cá nhân đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn; khuyến khích phát triển kinh tế trang trại; góp phần chuyển dịch cơ cấu nông nghiệp, nông thôn theo hướng công nghiệp hóa, đẩy nhanh ứng dụng khoa học kỹ thuật và công nghệ trong sản xuất đạt năng suất, chất lượng cao; đảm bảo công bằng giữa các tổ chức, hộ gia đình, cá nhân trực tiếp sử dụng đất nông nghiệp, Chính phủ đề nghị bổ sung miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp đến hết ngày 31/12/2020 như sau:
Đối với diện tích đất nông nghiệp của hộ gia đình, cá nhân: đề nghị bổ sung miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp đối với toàn bộ diện tích đất nông nghiệp vượt hạn mức, mà không phân biệt phần diện tích đất nông nghiệp vượt hạn mức giao đất nông nghiệp hay phần diện tích đất nông nghiệp vượt hạn mức nhận chuyển quyền sử dụng đất nông nghiệp.
Đối với diện tích đất nông nghiệp được Nhà nước giao cho tổ chức, trừ đơn vị vũ trang nhân dân:
Đối với diện tích đất nông nghiệp mà tổ chức đang trực tiếp sử dụng để sản xuất nông nghiệp: đề nghị bổ sung miễn thuế đối với toàn bộ diện tích đất nông nghiệp.
Đối với diện tích đất nông nghiệp mà tổ chức không trực tiếp sử dụng để sản xuất nông nghiệp: Theo Luật đất đai năm 2003 và Luật đất đai năm 2013 thì trường hợp này thuộc diện phải thu hồi đất, tuy nhiên trong thời gian chưa bị thu hồi đất vẫn phải nộp 100% thuế sử dụng đất nông nghiệp theo Nghị quyết số 55/2010/QH12 (Trước đây khi trình Quốc hội ban hành Nghị quyết số 55/2010/QH12, Chính phủ đã đề nghị giảm 50% số thuế đối với trường hợp này, nhưng do đây là trường hợp vi phạm pháp luật đất đai về việc sử dụng đất, nên Quốc hội đã không đồng ý và quyết định thu 100% thuế sử dụng đất nông nghiệp). Do đó, đề nghị tiếp tục thu 100% số thuế sử dụng đất nông nghiệp theo quy định tại Nghị quyết số 55/2010/QH12 đối với trường hợp này.
Đối với đất được Nhà nước giao cho đơn vị vũ trang nhân dân quản lý, sử dụng:
Theo Luật thuế sử dụng đất nông nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành thì không thu thuế sử dụng đất nông nghiệp đối với trường hợp được Nhà nước cho thuê đất.
Theo Luật đất đai năm 2013 thì đất nông nghiệp được Nhà nước giao không thu tiền sử dụng đất cho đơn vị vũ trang nhân dân quản lý, sử dụng theo quy định của Luật đất đai năm 2003 (đang thuộc đối tượng nộp thuế sử dụng đất nông nghiệp theo quy định của Luật thuế sử dụng đất nông nghiệp) thì phải chuyển sang thuê đất, khi đó sẽ không thuộc đối tượng phải nộp thuế sử dụng đất nông nghiệp theo quy định của Luật thuế sử dụng đất nông nghiệp.
Vì vậy, không cần thiết phải quy định bổ sung miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp đối với đất nông nghiệp do đơn vị vũ trang nhân dân quản lý, sử dụng.
Chính phủ nhận định: Với việc bổ sung miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp theo đề xuất như trên thì: Số thu thuế sử dụng đất nông nghiệp ước tính còn khoảng 5,7 tỷ đồng. Tổng số thuế sử dụng đất nông nghiệp dự kiến được miễn là khoảng 53,5 tỷ đồng, diện tích đất nông nghiệp dự kiến được miễn là 93.917 ha, tổng số đối tượng dự kiến được miễn là 77.136 NNT.
Như vậy, với việc bổ sung miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp như trên, mức tác động giảm thu ngân sách nhà nước là không lớn, nhưng đây lại là giải pháp để góp phần khuyến khích các tổ chức, hộ gia đình, cá nhân đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn; mở rộng quy mô và nâng cao hiệu quả sử dụng đất trong sản xuất nông nghiệp, từ đó giúp người nông dân cải thiện đời sống, có thêm vốn tái đầu tư phát triển sản xuất nông nghiệp; đồng thời góp phần thúc đẩy quá trình tái cơ cấu ngành nông nghiệp theo định hướng của Đảng và Nhà nước, nhất là trong việc thúc đẩy sản xuất hàng hóa quy mô lớn, hiệu quả, từ đó nâng cao khả năng cạnh tranh của các mặt hàng nông sản Việt Nam trên thị trường.
Nếu được Quốc Hội thông qua, các quy định này sẽ có hiệu lực từ ngày 1/1/2017.