Bộ tiêu chí chấm điểm gồm 25 tiêu chí, với thang điểm tối đa là 100 điểm nhưng có thêm các tiêu chí phụ để xét điểm thưởng (5 điểm) hoặc điểm trừ (10 điểm). Một số tiêu chí nổi bật để chấm điểm gồm: Ban hành văn bản chỉ đạo, hướng dẫn; hoạt động của Ban chỉ đạo An toàn thực phẩm; triển khai công tác thực hiện thủ tục hành chính về an toàn thực phẩm theo phân cấp; tổ chức phát động hay hội nghị triển khai về an toàn thực phẩm trong dịp cao điểm; công khai các cơ sở không thực hiện công tác bảo đảm an toàn thực phẩm; thực hiện thanh tra, kiểm tra định kỳ các cơ sở sản xuất, chế biến, kinh doanh thực phẩm...
Với Bộ tiêu chí này, những quận/huyện/thị xã hay xã/phường/thị trấn đạt 100 điểm trở lên (cả điểm cộng) sẽ được xếp loại xuất sắc; đạt từ 90 đến dưới 100 điểm được xếp loạt A (tốt), từ 70 đến 89 điểm được xếp loại B (khá), từ 50 đến dưới 70 điểm được xếp loại C (trung bình).
Tương tự, tiêu chí chấm điểm công tác an toàn thực phẩm tại hộ sản xuất, cơ sở sản xuất chế biến và kinh doanh thực phẩm cũng được xây dựng theo thang điểm 100, bao gồm 5 tiêu chí cụ thể: Chấp hành các quy định pháp luật chung; thực hiện đầy đủ các điều kiện bảo đảm an toàn thực phẩm và duy trì các điều kiện bảo đảm an toàn thực phẩm; giám sát chất lượng sản phẩm; áp dụng các công nghệ tiên tiến hiện đại, các chương trình quản lý chất lượng tiên tiến; điểm thưởng (đóng góp các quỹ xã hội từ thiện nhân đạo, tầm ảnh hưởng, uy tín của sản phẩm đối với xã hội).
