Để phù hợp và đảm bảo tính đồng bộ của hệ thống pháp luật, đồng thời để thực hiện chiến lược, chính sách phát triển của Đảng và Nhà nước, Luật mới đã bổ sung đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT): “Bảo hiểm sức khỏe, các dịch vụ bảo hiểm khác liên quan đến con người; các dịch vụ bảo hiểm nông nghiệp khác; bảo hiểm tàu, thuyền; trang thiết bị và các dụng cụ cần thiết khác phục vụ trực tiếp đánh bắt thủy sản; bán tài sản bảo đảm của khoản nợ của tổ chức nhà nước sở hữu 100% vốn điều lệ do Chính phủ thành lập để xử lý nợ xấu của các tổ chức tín dụng Việt Nam; phụ tùng thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để sử dụng trực tiếp cho hoạt động nghiên cứu khoa học”.
Luật Thuế GTGT sửa đổi, bổ sung cũng đã chuyển “dịch vụ phục vụ công cộng về vệ sinh, thoát nước đường phố và khu dân cư” từ đối tượng không chịu thuế sang đối tượng chịu thuế suất 10%. Theo cơ quan soạn thảo, việc chuyển dịch vụ này vào diện chịu thuế GTGT là cần thiết để bảo đảm tính liên hoàn của thuế GTGT, vì trong thực tiễn các doanh nghiệp (DN) đã đầu tư lớn cho việc xử lý chất thải, tái chế phế liệu mà sản phẩm đầu ra (phân vi sinh, sản phẩm tái chế từ nhựa, thủy tinh,...) chịu thuế GTGT nhưng không được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào. Trường hợp cung cấp hàng hóa, dịch vụ theo phương thức Nhà nước đặt hàng thì Nhà nước bố trí đủ kinh phí để DN nộp thuế.
Ngoài ra, Luật mới đã chuyển đổi căn cứ để xác định hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT của hộ, cá nhân kinh doanh có thu nhập thấp từ tiêu thức thu nhập so với mức tiền lương tối thiểu sang tiêu thức doanh thu. Cụ thể: “Hàng hóa, dịch vụ của cá nhân kinh doanh có mức doanh thu hàng năm từ 100 triệu đồng trở xuống thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT”.
Việc chuyển đổi căn cứ này nhằm đảm bảo phù hợp bản chất của thuế GTGT là thu theo hàng hóa và dịch vụ, đồng thời đảm bảo sự ổn định hơn của chính sách so với quy định theo mức lương tối thiểu chung như hiện hành (mức lương tối thiểu thường được Nhà nước điều chỉnh hàng năm) và khắc phục sự phức tạp trong quá trình thực hiện do phải xác định thu nhập của các đối tượng này, tạo thuận lợi hơn cho cơ quan thuế và người nộp thuế trong việc thực thi pháp luật thuế GTGT.
Luật mới cũng bổ sung quy định “giá tính thuế GTGT đối với hàng hóa chịu thuế bảo vệ môi trường là giá bán đã có thuế bảo vệ môi trường nhưng chưa có thuế GTGT”; bổ sung quy định về nguyên tắc xác định hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu áp dụng thuế suất 0% là “hàng hóa, dịch vụ được tiêu dùng ở ngoài Việt Nam, trong khu phi thuế quan; hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho khách hàng nước ngoài theo quy định của Chính phủ”; bổ sung mức thuế suất 5% đối với “bán, cho thuê, cho thuê mua nhà ở xã hội theo quy định của Luật Nhà ở”.
Để phù hợp với quy định pháp luật về quản lý thuế đồng thời đảm bảo quyền lợi và tạo thuận lợi cho người nộp thuế, Luật mới đã bỏ khống chế thời hạn (6 tháng) kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hóa đơn điều chỉnh bổ sung trong trường hợp có sai sót. Đồng thời, Luật mới cũng bỏ quy định “thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định sử dụng đồng thời cho SXKD hàng hóa dịch vụ chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ”.
Về hoàn thuế GTGT, bổ sung trường hợp hoàn thuế theo quý; sửa đổi phương thức hoàn thuế (từ “trong 03 tháng liên tục có số thuế chưa được khấu trừ hết” thành “sau ít nhất 12 tháng tính từ tháng đầu tiên nếu còn số thuế âm mới được hoàn thuế”); sửa mức thuế tối thiểu được hoàn đối với đầu tư và xuất khẩu đang quy định là 200 triệu đồng thành 300 triệu đồng; bổ sung quy định việc hoàn thuế đối với hàng hóa mang theo khi xuất cảnh của người mang hộ chiếu nước ngoài.
Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2014, tuy nhiên, nhằm góp phần hỗ trợ cho DN, đặc biệt là DN trong lĩnh vực bất động sản, đồng thời thể hiện sự chia sẻ, hỗ trợ của Nhà nước đối với những người có thu nhập thấp trong việc mua nhà ở thì một số nội dung trong Luật Thuế GTGT số 31/2013/QH13 đã được phép áp dụng ngay từ 01/7/2013.
