Một trong những hạn chế, trở ngại chính trong việc xây dựng, phát triển mạng lưới ĐSĐT của Hà Nội là nguồn vốn. Phó Giám đốc Sở Tài chính Hà Nội Nguyễn Việt Hà cho biết, hiện vốn đầu tư cho các dự án ĐSĐT của Hà Nội có 3 nguồn: ngân sách dành cho đầu tư công; vốn vay ODA và nguồn xã hội hóa theo hình thức hợp tác công - tư. Trong khi nguồn ngân sách cực kỳ hạn chế thì nguồn ODA do Chính phủ phân bổ vẫn được coi là nguồn quan trọng nhất. Thế nhưng, vốn vay ODA lại bị chi phối bởi trần nợ công. Nếu theo cách tính thông thường thì Hà Nội chỉ vay tiền làm 2 dự án ĐSĐT đã hết trần nợ công.
Trong khi đó, Hà Nội vẫn phải nộp ngân sách rồi đợi các bộ, ngành hữu quan báo cáo lên Chính phủ, chờ được phân bổ trở lại nguồn vốn dành cho đầu tư công, tốn rất nhiều thời gian, ảnh hưởng tiêu cực đến tiến độ các dự án trọng điểm. Hai nguồn vốn chính khó khăn là thế, nguồn thứ 3 là kêu gọi xã hội hóa, hợp tác công tư lại rất khó thu hút.
Giám đốc Sở KH&ĐT Hà Nội Nguyễn Văn Tứ cho rằng, tất cả những khó khăn về vốn mà Hà Nội đang phải đối diện đều xuất phát từ việc thiếu chính sách ưu tiên phù hợp. Trên cơ sở đó, ông Nguyễn Văn Tứ đề xuất Chính phủ nên xem xét, nhanh chóng có biện pháp tháo gỡ, chấp thuận cho Hà Nội được thực hiện một số cơ chế tài chính đặc thù. Ví dụ như cho Hà Nội được ứng vốn ngân sách để thực hiện một số hạng mục của các dự án ĐSĐT cấp bách, có ý nghĩa quan trọng đối với giao thông Thủ đô, như vậy sẽ rút ngắn được thời gian, trình tự thủ tục, đảm bảo tiến độ thi công.
Về nguồn vốn vay ODA, phân bổ theo tỷ lệ hiện nay thì chắc chắn Hà Nội sẽ sớm kịch trần nợ công trong khi còn quá nhiều dự án ĐSĐT đang “khát” vốn. Hà Nội vẫn xác định nguồn vốn vay ODA là nguồn chính, quan trọng nhất trong giai đoạn đầu tư trước mắt; do đó Chính phủ cần xem xét cho TP nới trần nợ công hoặc tạm thời đặt các dự án ĐSĐT ra ngoài quy định trần nợ công để tiếp tục vay và hoàn thiện dự án. Đối với việc huy động nguồn vốn xã hội hóa, hiện các cơ quan chức năng Hà Nội đang xem xét phương án kết hợp cả 2 hình thức BT và BOT nhằm tạo điều kiện, thu hút doanh nghiệp.
