Các đơn vị được cấp phép có 2 đơn vị thuộc Bộ, ngành và 14 đơn vị thuộc Sở Y tế quản lý.
Cụ thể bao gồm: Bệnh viện Đa khoa Trung ương Cần Thơ, Bệnh viện Quân y 121, Trung tâm Kiểm soát bệnh tật thành phố Cần Thơ, Bệnh viện Đa khoa TP Cần Thơ, Bệnh viện Nhi đồng TP Cần Thơ, Bệnh viện Lao và Bệnh Phổi TP Cần Thơ, Bệnh viện Ung bướu TP Cần Thơ, Bệnh viện Phụ sản TP Cần Thơ, Bệnh viện Đa khoa Quốc tế S.I.S Cần Thơ, Bệnh viện Quốc tế Phương Châu, Bệnh viện đa khoa Hòa Hảo Medic Cần Thơ, Bệnh viện Đa khoa Hoàn Mỹ Cửu Long, Phòng Xét nghiệm MEDLATEC Cần Thơ, Bệnh viện Tim mạch, Bệnh viện Da liễu, Bệnh viện Truyền máu – Huyết học.